獼猴桃根腐病會造成根部腐爛， 破壞獼猴桃的養分吸引輸導系統， 影響對有機物的運輸功能， 從而導致樹體枯萎甚至死亡。

獼猴桃根腐病從樹體幼苗期到成株期都有機會發生，病害感染部位在根部。不單是獼猴桃才會感染，葡萄樹、蘋果樹、桃樹等都會發生根腐病，發病原因是多種真菌感染，分疫黴菌感染、密環菌感染。

疫黴菌感染：根尖感染疫黴菌後，樹體長勢較弱，萌芽遲緩，葉子會比正常樹體的小，葉子同時呈現黃色，嚴重時整株死亡。逐漸向根內部感染；嫁介面或者根頸部感染，感染部位能看到水漬狀病斑，皮層腐爛壞死，當出現環狀腐爛時已經是得病很嚴重了。

密環菌感染：根頸部皮層發病初期能看到黃褐色水漬狀塊狀斑，皮層慢慢軟腐變黑，韌皮部、木質部兩相分離，木質部分也變褐腐爛。樹體表現為長勢弱、新梢細弱、葉子會比正常樹體的小、葉子顏色變淡。遇土壤溼度大的時候，病斑擴散迅速造成根系變黑腐爛，樹體葉子發黃速度快，最後樹體萎蔫死亡。在7～8月時要比較注意，樹體長勢旺時或者已經掛果，連日高溫天氣或者遇久雨突晴天氣，感染了密環菌的樹體會突然萎蔫死亡。感染組織內部能看到白色菌絲；腐爛根部產生許多淡黃色成簇的傘狀子實體。在土壤潮溼或發病高峰期，感染部位都是白色黴狀物。。

目前對於獼猴桃根腐病預防，一般是透過培育無病菌苗木來降低感染風險，土壤pH值不可>8，長年種植禾本科植物，同時又無發生過根腐病的地區比較適宜培育獼猴桃苗木，在這些田地施入發酵過的餅肥作為基肥，種植時將種植地所有的植物殘渣清除乾淨；獼猴桃不耐水又怕高溫，在高溫天氣切忌大水漫灌，噴灌或滴灌是比較好的灌水方法；樹苗種植的深度要合理同時也要合理佈局樹體與樹體之間的距離。

獼猴桃感染根腐病時可用40%多菌靈400倍液灌根或者0.8%的菌立滅300倍灌根，每棵樹2～3千克，每隔15天用藥水灌根一次，需連灌3次。