導致智力障礙的原因很複雜，通常不是由單一的原因造成的，目前已確知的主要原因有以下幾個方面：

1、遺傳因素遺傳是導致智力障礙的重要因素，主要有染色體異常（最常見的如21-三體綜合徵即唐氏綜合徵，佔兒童染色體疾病的70%-80%。脆性X綜合徵，先天性卵巢發育不全綜合徵，先天性睪丸發育不全綜合徵）和先天性代謝異常（苯丙酮尿症、半乳糖血症等），其他的遺傳因素引起的有先天性顱腦畸形以及先天性腦積水和小頭畸形。

2、產前損害包括宮內感染、缺氧、理化因素如有害毒物、藥物、放射線、汞、鉛、吸菸、吸毒、孕婦嚴重營養不良或孕婦患病。孕期感染是導致智力障礙的又一主要致病因素，且尤以妊娠前三個月的感染影響最大；孕期營養不足、酗酒、吸毒，以及患水痘、風疹、糖尿病、接受放射性照射等，都可導致胎兒智力發育遲緩。

3、分娩時產傷窒息、顱內出血、早產或低體重、低血糖、核黃疸、敗血症等。

4、出生後患病包括患腦膜炎、腦炎、顱外傷、腦血管意外、中毒性腦病、內分泌障礙如甲狀腺功能低下、癲癇等。

5、社會文化因素處於社會文化不利環境中的兒童，其智力和社會適應能力的發展明顯受到制約，會遠遠落後於同齡兒童。如在貧窮地區成長的兒童容易被剝奪文化和教育的權利，這種早期教育的嚴重缺乏，也會導致腦功能發育障礙，最後導致智力障礙。

6、環境因素地理環境條件對人的智力有很大的影響，如在缺碘地區，人體攝碘量不足就會引起智力障礙。環境的汙染，如水質汙染、大氣汙染、農藥汙染、重金屬汙染、電離輻射以及噪音汙染等也可能造成兒童智力障礙。