最後結局是阿爾製成了賢者之石，愛得華在地下城和ENVI決戰結果被ENVI殺死了，ENVI為找光之霍恩海姆去了我們的世界，阿爾用自己復活了愛得華，愛得華復活後又以自己做為代價復活了阿爾，而愛得華也透過真實之門去了我們的世界，一條手臂和一條腿仍然被機器所替代，他和霍恩海姆生活在一起。阿爾復活後失去了和哥哥4年的冒險記憶，不過仍然堅信能在某天和哥哥重逢。

最後的結局愛得華和阿爾在兩個不同的世界同時向天空舉起拳頭~~

上面這個是TV版51集的結局，但不是最後的。

去看劇場版>那就是最後的結局

愛德華在門的那一邊(就是我們的世界)與爸爸生活在一起,而阿爾卻在這一邊(就是他們的世界).他雖失去了所有煉成媽媽之後的記憶但仍然不放棄尋找哥哥的道路.

終於我們世界的人發現了愛德華他們的世界並稱其為香巴拉,我們世界的人怕以後會遭到香巴拉世界的人的侵略就準備先入為主進入香巴拉並把這個城市滅了.於是我們世界的人開始造火箭並開始尋找基拉變成的大龍,用大龍的血進行煉成可以開啟去香巴拉的大門,愛德華的爸爸為了兩個兒子可以相見也去幫我們世界的人搞研究.最後他開啟了門自己也犧牲了,愛德華也在好朋友(一個長的超像阿爾的人)的幫助下成功的回到了自己的世界,一回來就看到了溫麗,溫麗迅速的為他裝上了最新的機械鎧,一會又見到了弟弟,他兩為了保護自己的世界不受我們的世界的人的侵犯馬上開始了戰鬥.最後終於把頭頭給解決掉了,好不容易相見的兄弟卻又要分開,愛德華為了讓自己的世界不再受到侵犯決定回到我們的世界在這一邊毀掉門,讓弟弟在香巴拉這邊毀掉門.

愛德華回到了我們的世界,一個再也見不到弟弟,再也不能使用鍊金術的世界.他毀掉了門以為再也見不到弟弟的他發現角落裡一副不起眼的盔甲在動,不一會弟弟就跳了出來.原來愛德華走後大佐讓阿爾跟去,他來毀掉門.

這個是最後的結局。

溫莉有一句臺詞：“這次，他連說個再見的機會也不給我了。。。”

傷心啊，鋼煉動畫也就這麼完結了。