①高壓蒸汽滅菌即將滅菌物置於密封的高壓鍋內，利用加壓高溫蒸汽在較短的時問內達到徹底滅菌的方法。一般液體培養基在1公斤／平方釐米的壓力下，處理20～30分鐘，溫度約為121℃。對固體培養基，如木屑、棉籽殼、穀粒、糞草等，必須在1.5公斤／平方釐米的壓力下，處理1～2小時，溫度約為128℃，才能達到滿意的滅菌效果。使用高壓鍋的步驟為：加水至水位線→裝鍋→加蓋→加熱升溫→壓力至0.5公斤／平方釐米時，開啟排氣閥排除鍋內冷空氣，壓力降至0，排氣閥有大量熱蒸汽衝出時，關閉排氣閥→繼續升溫，壓力升至規定指標，溫度達到規定指標時，開始調火穩壓規定時間→滅火→降壓→開蓋→取物。
②常壓滅菌常壓滅菌將滅菌物置於常壓滅菌鍋內，以自然壓力的蒸汽進行滅菌的方法。常壓滅菌灶的建造方法根據各地習慣而異。常壓滅菌的時間通常以見冒大氣（100℃）開始計算，一般維持8～10小時。滅菌時注意不要將滅菌物排得過密，以保證滅菌鍋內的蒸汽流通。開始要求以旺火猛攻，使滅菌灶內的溫度儘快上升至100℃，中途不能停火，經常補充熱水以防蒸乾。此法的優點是建灶成本低、容量大，但滅菌時間長、能源消耗量大。
③常壓間歇滅菌在沒有高壓滅菌裝置的條件下，或對一些不宜用100℃以上溫度而又須殺滅其中的細菌芽孢的物質的滅菌，可採用此法。具體做法是：將培養基或其他滅菌物置於滅菌鍋裡，經100℃的熱蒸汽30～120分鐘，殺死細菌的營養體，然後將滅菌物取出，置於25～30℃條件下培養24小時，誘發其中殘留的芽孢萌發成營養體，再放入滅菌鍋內滅菌30分鐘，以殺死新萌發的營養體。如此連續3次，即可殺死滅菌物的芽孢、厚垣孢子。
④發酵殺菌在食用菌生產中經常採用培養料堆制發酵的方法，由微生物的代謝熱所產生的高溫，使培養料發酵腐熟的同時，殺死培養料中雜菌的營養體、害蟲的幼蟲及卵。
拌藥消毒。在食用菌的生料栽培的過程中，對培養料進行拌料時，通常要加入0.1％多菌靈粉、或0.1％甲基託布津等殺菌劑，以殺死雜菌或抑制雜菌的生長。在堆制培養料時，常常加入1％～2％的生石灰
①高壓蒸汽滅菌即將滅菌物置於密封的高壓鍋內，利用加壓高溫蒸汽在較短的時問內達到徹底滅菌的方法。一般液體培養基在1公斤／平方釐米的壓力下，處理20～30分鐘，溫度約為121℃。對固體培養基，如木屑、棉籽殼、穀粒、糞草等，必須在1.5公斤／平方釐米的壓力下，處理1～2小時，溫度約為128℃，才能達到滿意的滅菌效果。使用高壓鍋的步驟為：加水至水位線→裝鍋→加蓋→加熱升溫→壓力至0.5公斤／平方釐米時，開啟排氣閥排除鍋內冷空氣，壓力降至0，排氣閥有大量熱蒸汽衝出時，關閉排氣閥→繼續升溫，壓力升至規定指標，溫度達到規定指標時，開始調火穩壓規定時間→滅火→降壓→開蓋→取物。
②常壓滅菌常壓滅菌將滅菌物置於常壓滅菌鍋內，以自然壓力的蒸汽進行滅菌的方法。常壓滅菌灶的建造方法根據各地習慣而異。常壓滅菌的時間通常以見冒大氣（100℃）開始計算，一般維持8～10小時。滅菌時注意不要將滅菌物排得過密，以保證滅菌鍋內的蒸汽流通。開始要求以旺火猛攻，使滅菌灶內的溫度儘快上升至100℃，中途不能停火，經常補充熱水以防蒸乾。此法的優點是建灶成本低、容量大，但滅菌時間長、能源消耗量大。
③常壓間歇滅菌在沒有高壓滅菌裝置的條件下，或對一些不宜用100℃以上溫度而又須殺滅其中的細菌芽孢的物質的滅菌，可採用此法。具體做法是：將培養基或其他滅菌物置於滅菌鍋裡，經100℃的熱蒸汽30～120分鐘，殺死細菌的營養體，然後將滅菌物取出，置於25～30℃條件下培養24小時，誘發其中殘留的芽孢萌發成營養體，再放入滅菌鍋內滅菌30分鐘，以殺死新萌發的營養體。如此連續3次，即可殺死滅菌物的芽孢、厚垣孢子。
④發酵殺菌在食用菌生產中經常採用培養料堆制發酵的方法，由微生物的代謝熱所產生的高溫，使培養料發酵腐熟的同時，殺死培養料中雜菌的營養體、害蟲的幼蟲及卵。
拌藥消毒。在食用菌的生料栽培的過程中，對培養料進行拌料時，通常要加入0.1％多菌靈粉、或0.1％甲基託布津等殺菌劑，以殺死雜菌或抑制雜菌的生長。在堆制培養料時，常常加入1％～2％的生石灰