您好，自動變速箱S檔屬於運動模式，在次檔位工作區別在於與換擋時發動機的轉速不同，所以出現你所說的發動機的轟鳴聲音很大。在S檔工作時不會有什麼影響，因為發動機轉速很高還可以起到拉高速除積碳的效果。但是不建議長期使用S檔，因為S檔相對D檔油耗較高。

樓主的作法的確有些不妥，但偶爾幾次倒是並無大礙。建議樓主注意以後一段時間的磨合就可以了，以下是一些有關新車磨合的注意事項，望樓主借鑑：

新車磨合應該注意的一些問題：新車出廠前已經過冷磨合處理，但為了日後機械系統保持最佳狀態以及延長使用壽命，建議前1500公里必須謹慎駕駛您的愛車，分階段進行保養。

1、100公里，新的摩擦制動片尚未達到100％的制動效果，剎車應有提前量，特別是在前200公里內，輪胎摩擦力不夠，因此在剎車時要比正常情況下多用些力。

2、500公里為初期磨合，此時速度不宜過快，普通為70-80公里以下，轉速不要超過2200轉為好。

3、500-1000公里為中期磨合，最高速度可適當提高，普通可以達到90-100公里，轉速依然2500轉以下為好。適當提提速不但不會影響發動機，反而可以促進磨合，而且可以看看是否再提速時有否異常。

4、1000-1500公里為後期磨合，速度可以提至120公里以下。因為磨合是一個漸進的過程，必須逐步加碼。轉速不要超過3000轉即可。

5、磨合期行駛時要避免急剎車、急提速的情況。行駛時不要長時間以固定速度駕駛，要有速度變化。汽車在磨合期內裝載量不能超過額定載荷的75％。新車在裝載時應低於規定的載重量或人數，更不能超載，因為超載會加重發動機、變速器、傳動系統、懸掛系統等部件的負擔，加重磨損，對車輛造成損害。選擇優質潤滑油：選擇低粘度和優質潤滑油，能使摩擦表面得到良好的潤滑，減緩機件磨損。希望回答能給你一點幫助。