一般來說，足月出生的健康小兒，大多數會在出生以後48小時內有胎便排出來。如果出生後超過48小時未見排便，就要請專科醫師診治一下，排除小兒巨結腸發生的可能性了。而一般的小兒便秘多發生在2-3歲期間。

以是否有腹部脹氣辨別。

對於小兒巨結腸者來說，由於小腸和直腸擴張，會發生腹部脹氣現象，嚴重時甚至出現嘔吐情況；而小兒便秘的話，一般不會發生腹脹甚至嘔吐現象。這一點屬於比較本質的區別了。

有否消瘦營養不良發生。

巨結腸小兒由於長期腹脹便秘，食慾下降導致營養物質攝入與吸收不夠，慢慢的出現小兒消瘦營養不良現象；而小兒便秘一般不會出現消瘦營養不良的現象，這點區別也蠻重要。

觀察小兒是否害怕排便。

不管小兒處於生長的哪個階段，對於排便的害怕程度也可以觀察一下。如果是巨結腸小兒，一般不會發生害怕排便的情況；而如果是普通的小兒便秘，則屬於比較排斥和逃避排便的。

是否經常有憋便的情況。

小兒巨結腸的話，平時一般不能看到小兒有憋便情況；因為腸道中糞便不多；而普通小兒便秘的話，就可以經常觀察到憋便情況了；大多腸道中有糞便而未排出的緣故。

透過醫學檢查發現不同。

如果透過以上的方式，還無法辨別屬於小兒巨結腸或小兒便秘的話，就要透過專科醫院的專科醫師診治，和專用儀器檢查來發現二者的不同了。透過特定造影劑的灌腸進行X線透視，可以發現巨結腸小兒的病理改變；而小兒便秘沒沒有病理改變出現。

母乳餵養，多數寶寶不便秘，若便秘是母親吃的食物有問題。吃奶粉的兒童便秘，應馬上更換奶粉。一個牌子的奶粉一段不便秘，二段就有可能就便秘，那就改回吃一段奶粉加餐部分成人飯菜。不管什麼品牌的奶粉，孩子吃三五天，就知道是否便秘了，出現便秘就更換奶粉。新增輔食後寶寶便秘，讓寶寶不吃肉食和油炸食品。