可以。西紅柿和辣椒沒有雜交，就沒有DNA的重組，西紅柿還是西紅柿辣椒還是辣椒，氣味因子不影響口味。吃的西紅柿和辣椒是果實，由子房發育來的，全部來自母體植株，跟授粉沒有關係。先不說有沒有生殖隔離，即使傳粉發生雜交改變的也僅僅是種子的基因，想要發生變化，且要等到下一代了。

西紅柿：別名番茄、洋柿子，茄科，蕃茄屬。辣椒：是茄科、辣椒屬。西紅柿和辣椒，同科，但不同屬。理論上不可以輪換種植。因為西紅柿和辣椒，同屬茄科，吸收同樣的營養物質，留下相同的病害。對產量和品質都會有很大的影響，也可稱為連作障礙。

番茄和辣椒都屬於茄科類蔬菜，茄科類以及瓜類都不耐連作，需輪作種植。可選擇：萵筍—黃瓜—番茄的種植模式。

[西紅柿連作的危害]：一：是病蟲害，菜田土壤裡的土可傳病害和蟲害會逐年增加，造成植株受害；二：是土壤養分減少，連作可使土壤中供應西紅柿的養分成份減少，可影響西紅柿對養分的吸收，造成減產減收。

[不同作物連作後的反應各不相同]：一般是禾本科、十字花科、百合科的作物較耐連作，豆科、菊科、葫蘆科作物不耐連作。連作對深根作物的危害大於淺根作物，對夏季作物的危害大於冬季作物。

因此在同一塊田地上重複種植同一種作物時，一般按需間隔的年限長短可分為三類忌連作的作物。①在同一田地上種1年後需間隔2年以上才可再種。如芋、番茄、青椒等需隔3年以上，西瓜、豌豆、茄子等需隔5年，亞麻則需隔10年後再種。②對於耐短期連作的作物。連作1~2年後需隔1~2年再種的，如豆類、薯類作物、黃瓜、花生等。③較耐連作的作物，可連作 3~4年甚至更長時間。 如水稻、棉花、花椰菜等，在採取合理的耕種措施，增施和加強病蟲防治的情況下，連作的為害一般表現甚輕或不明顯。