鎂是葉綠素的主要組成成份，對樹體生命過程能起調節作用。在磷酸代謝，氮素代謝和碳素代謝中，能活化許多種酶，起到活化劑的作用。鎂在維持核糖、核蛋白的結構和決定原生質的物理化學性狀方面，都是不可缺少的。對呼吸作用也有間接影響。一般在酸性砂土、高度淋溶和陽離子代換量低的土壤、母質含鎂量低的石灰性土壤，或酸性土過多施用石灰或鉀肥時，土壤常易缺鎂。幼樹缺鎂，易造成早期落葉，多在仲夏發生。有時一夜之間葉片基本落淨，成樹缺鎂，多從新梢基部葉片開始，輕則脈間失綠，重則果實不能正常成熟，果個小，著色差，無香味。鎂過多時，會造成樹體內元素間的不平衡，如造成鈣吸收不足，鉀的缺乏，以及缺鋅等。

鎂是葉綠素的主要組成成分之一，也是許多酶的活化劑。果樹根系能吸收土壤膠體所吸附的鎂離子和土壤溶液中的鎂離子。鎂在樹體內一部分形成有機化合物，一部分以離子狀態存在。鎂主要是透過質流在樹體內轉運的，鎂在樹體中可再分配利用。鎂主要分佈在果樹的幼嫩部分，在生長器官裡，特別是在開放的花裡存有大量的鎂。在蘋果新梢上，除了最基部的3片葉子外，葉片中鎂的含量從基部到頂部是逐漸遞增的。

鎂和鈣的化學性質相似，但在生理上卻有不同。若鈣是正常水平時，鎂不能代替鈣；若鈣很低時，鎂可代替部分鈣的作用。鎂在液胞膜上可以代替鈣，但活性有差異，而鈣不能代替鎂，缺鎂會減少鈣的吸收，對缺鎂果樹施鎂肥時，會增加鈣的吸收，因此鎂可促進根系的健康生長。但鎂過量也會減少鈣的吸收。有機質缺乏的酸性土壤或施鉀肥過多的土壤，容易誘發缺鎂病。因為在吸收陽離子的過程中，鎂常與其他陽離子發生拮抗作用。