乙肝病毒感染一般可分為一過性感染和慢性持續性感染。如果是較大兒童（7歲以上）或成年人感染了乙肝病毒，不管是無症狀但能產生特異性免疫應答的隱性感染，還是有症狀的顯性感染（表現為急性肝炎），其中絕大部分感染者為一過性感染，他們體內的乙肝病毒最終會被徹底清除，只有極少數感染者成為慢性乙肝病人或慢性乙肝病毒攜帶者。由於急性感染多呈自限性經過，所以其治療並不複雜。急性肝炎的治療包括合理的休息、適當的營養和必要的藥物，以休息和營養為主，用藥種類不宜太多，以免加重肝臟負擔，一般也不用幹擾素等抗病毒藥物。至於隱性感染，多數難以發現，往往不知不覺之中病毒已經清除了，並且獲得了特異性免疫力。不管隱性感染還是顯性感染，機體在清除病毒過程中產生的特異性免疫力都對機體有保護作用，能夠抵禦乙肝病毒對機體的再次侵襲。

研究發現，感染年齡越小，形成持續性感染、成為慢性乙肝病毒攜帶者或慢性乙肝病人的機率越大。如果是圍產期（妊娠滿28周至產後1周）透過母嬰垂直傳播造成的感染，又未採取任何阻斷措施，則將會導致大部分嬰兒在將來成為慢性病毒攜帶者或慢性乙肝病人。不管是慢性乙肝病毒攜帶者還是慢性乙肝病人，體內病毒自然陰轉的可能性都很小，即使再加上藥物、免疫壓力等因素的作用，其E抗原陰轉的機率也很少，表面抗原陰轉的可能性更小，核心抗體幾乎不陰轉。但總的說來，慢性持續性感染、主要是慢性乙型肝炎的治療是迄今未解決的難題。至於慢性乙肝病毒攜帶者，不論採用什麼方法，其清除率更低。目前國內外關於乙肝的療效標準，均無乙肝病毒陰轉這一項。由此可知，對於乙肝病毒的慢性持續性感染而言，病毒的徹底清除殊非易事；而病毒得不到徹底清除，所謂“根治”也就無從談起。