題主所提的問題在《寵物小精靈：無印篇》中的確是有的，且不僅是動物還包括昆蟲、魚類以及日常生活中常見的植物果蔬等。
期初的設定是「神奇寶貝世界」屬於現實世界的一部分，而且神奇寶貝世界中的豐都、城都、關都和神奧的地圖也是以日本為原型設計出來的。
但是當《寵物小精靈：無印篇》完結後，續作作品中就已經不再出現與現實相關的動植物了，那麼，既然題主指明是“小動物”和“肉類食物”，那麼接下來我就簡單舉幾個例子。
現實中的“蟲”
無印篇第3集裡，小智收服的第一隻飛行系神奇寶貝比比鳥就曾在草叢中捉到一隻小蟲，雖然當時動畫中的這個鏡頭只有零點幾秒，但題主只要曾經看過並有印象就一定能找到那個“亮點”。
現實中的水生生物
除了昆蟲以外，現實中以水為生的水生生物在神奇寶貝世界也是存在的，《寵物小精靈》中曾多次出現水族館裡的普通魚類，喵喵未加入火箭隊之前以偷來的普通魚類為食，還有曾落入海中的武藏在游上岸的過程中頭頂頂著一個普通的海星，而且動畫中還曾發生過普通水母成災的事件。
現實中的肉類食物
個人認為凡事有人的地方，那麼肉類食物就必不可少，畢竟這是人們補充體力最好的食物，特別是對無肉不歡的人來說更是如此，而《寵物小精靈》裡面的肉類食物通常都是以雞、豬、牛為主，而個別地區也會以海產為主。
動畫裡出現最多的肉類食物通常都是炸雞或烤雞，動畫裡喵喵的回憶中曾提到如果有生之年能吃上一頓“火雞大餐”那就真的是毫無遺憾了，可見動畫中的雞肉美食是多麼美味，不僅能吸引人，還能吸引喵喵。
海產類的食物在動畫中出現的次數並不多，但是每次出現都會讓人有一種高階食物的感覺，其實動畫中小智吃的炸蝦屬於生活中的常見食物，但是龍蝦可不是平常生活中可以天天吃的，而動畫也是這樣，龍蝦雖然有但不是特別多。
結合以上內容，神奇寶貝世界裡的現實小動物和肉類食物其實不少，但是這僅限於《寵物小精靈：無印篇》中，因為是早期設定所以這些現實中的元素都融入到動畫中了，之後的作品裡真的是想找都找不到了。
題主所提的問題在《寵物小精靈：無印篇》中的確是有的，且不僅是動物還包括昆蟲、魚類以及日常生活中常見的植物果蔬等。
期初的設定是「神奇寶貝世界」屬於現實世界的一部分，而且神奇寶貝世界中的豐都、城都、關都和神奧的地圖也是以日本為原型設計出來的。
但是當《寵物小精靈：無印篇》完結後，續作作品中就已經不再出現與現實相關的動植物了，那麼，既然題主指明是“小動物”和“肉類食物”，那麼接下來我就簡單舉幾個例子。
現實中的“蟲”
無印篇第3集裡，小智收服的第一隻飛行系神奇寶貝比比鳥就曾在草叢中捉到一隻小蟲，雖然當時動畫中的這個鏡頭只有零點幾秒，但題主只要曾經看過並有印象就一定能找到那個“亮點”。
現實中的水生生物
除了昆蟲以外，現實中以水為生的水生生物在神奇寶貝世界也是存在的，《寵物小精靈》中曾多次出現水族館裡的普通魚類，喵喵未加入火箭隊之前以偷來的普通魚類為食，還有曾落入海中的武藏在游上岸的過程中頭頂頂著一個普通的海星，而且動畫中還曾發生過普通水母成災的事件。
現實中的肉類食物
個人認為凡事有人的地方，那麼肉類食物就必不可少，畢竟這是人們補充體力最好的食物，特別是對無肉不歡的人來說更是如此，而《寵物小精靈》裡面的肉類食物通常都是以雞、豬、牛為主，而個別地區也會以海產為主。
動畫裡出現最多的肉類食物通常都是炸雞或烤雞，動畫裡喵喵的回憶中曾提到如果有生之年能吃上一頓“火雞大餐”那就真的是毫無遺憾了，可見動畫中的雞肉美食是多麼美味，不僅能吸引人，還能吸引喵喵。
海產類的食物在動畫中出現的次數並不多，但是每次出現都會讓人有一種高階食物的感覺，其實動畫中小智吃的炸蝦屬於生活中的常見食物，但是龍蝦可不是平常生活中可以天天吃的，而動畫也是這樣，龍蝦雖然有但不是特別多。
結合以上內容，神奇寶貝世界裡的現實小動物和肉類食物其實不少，但是這僅限於《寵物小精靈：無印篇》中，因為是早期設定所以這些現實中的元素都融入到動畫中了，之後的作品裡真的是想找都找不到了。