1865年4月14日晚10時15分，南方軍隊投降後第5天，林肯在華盛頓福特劇院總統包廂看戲時，同情南方的演員約翰·威爾克斯·布斯趁總統保鏢離開之時用槍擊中了林肯的頭部。

雖然林肯在被擊中後沒有立即死亡，但是在1865年4月15日上午7時，美利堅合眾國第16任總統亞伯拉罕·林肯與世長辭。5月4日，林肯下葬於橡樹嶺公墓。

林肯是第一個遭遇刺殺的美國總統，也是首位共和黨籍總統，多次被評價為最偉大的總統。最新版5美元紙幣正面是亞伯拉罕·林肯的照片。

林肯在位時的政治舉措：

簽署《宅地法》

1862年5月，林肯簽署了《宅地法》 ，規定每個美國公民只交納10美元登記費，便能在西部得160英畝土地，連續耕種5年之後就成為這塊土地的合法主人。這一措施從根本上阻止南方奴隸制向西部擴張，同時也滿足了廣大農民的迫切要求，大大激發了農民奮勇參戰的積極性。

起草《解放黑人奴隸宣言》

1862年8月22日，在給《紐約論壇報》編輯格瑞萊的信中，林肯寫道：“我的最高目標是拯救聯邦，既不是儲存奴隸制度，亦非摧毀奴隸制度。如果不解放一個奴隸就能儲存聯邦，我就一個不解放；如果解放全部奴隸就能儲存聯邦，我就全部解放；如果解放一部分奴隸，不解放其他奴隸就能儲存聯邦，我也照辦。