清末，餘杭士子楊乃武應鄉試中舉，擺宴慶賀。房客葛小大妻畢秀姑頗有姿色，人稱“小白菜”。她本是葛家童養媳，曾在楊家幫傭，與楊乃武早有情愫，礙於禮義名份，難成眷屬，只得各自婚娶。餘杭知縣劉錫彤曾為濫收錢糧斂贓貪墨，被楊乃武聯絡士子上書舉發，斷了財路，心懷怨隙。

他兒子劉子和用迷藥姦汙了畢秀姑，又把她丈夫葛小大毒死。劉錫彤為保住兒子性命和發洩私憤，便移花接木，把楊乃武騙至縣衙，嚴刑逼供，以“謀夫奪婦”定擬，問成死罪。

楊乃武和其胞姐楊淑英、妻子詹氏不服，屢屢上訴，歷時二年，前後幾十堂，皆因劉錫彤上下疏通賄賂，以致官官相護，依舊判定死罪，並詳文刑部。詹氏也因上告失敗而獲罪被拘，幸同科舉人汪士屏聯合士紳上書刑部辨冤，刑部侍郎夏同善駁回詳文，並請得諭旨命浙江三大憲會審。

楊淑英為救弟弟，懷抱侄兒去省城探監，求秀姑據實翻供，畢秀姑深覺愧疚，當即應允。誰知浙江巡撫楊昌浚為保住自己面子和眾多參審官員頂子，依仗擁兵邊疆左宗棠之勢，會同藩臺、臬臺蓄意抗命，不準畢秀姑翻供，復以“通姦謀命”定擬，上奏。

楊昌浚此舉激起浙江士紳公憤，楊淑英在他們支援下，至獄中讓楊乃武寫冤狀，冒死赴京，滾釘板告狀。光緒帝生父醇親王痛恨楊昌浚蔑視朝廷，又怕各省督撫仿效，決意替楊乃武翻案，以示警飭。

正當楊乃武看透黑暗吏治，與秀姑欲以鮮血、頭顱祭告天下：“大清百姓盼望青天”之際，得到了醇親王“大清有青天”的回答。出獄之日，楊乃武目擊畢秀姑奉懿旨，被押解尼庵削髮為僧，自己雖保住了命，卻已一身傷殘，幾為廢人，連舉人功名也不準恢復。

楊乃武小白菜是一部冤劇，劇情裡官官相護，相互勾結，買官賣官。製造了一起天大的冤案。好在最後得以雪恥，懲治了一大批貪官。

楊乃武小白菜案的真相是：小白菜與楊乃武先是租客與房主的關係，後來這種關係解除了，但是小白菜的丈夫因病去世了，由於家人及周邊鄰居的一場誤會，冤枉楊乃武與小白菜通姦毒死小白菜的丈夫，於是糊塗官判糊塗案，冤案形成。