明代宮廷太監最初主要來自戰爭中的俘虜，如著名的太監鄭和、金英，即是作為戰爭勝利品閹割送入宮中，這類的太監如果有聰敏機警者，可以選入書堂讀書，後多得在近侍，甚至躋身顯要。正因為此，所以很多民家羨慕太監的富貴，私自閹割進宮，以求富貴，英宗時的太監王振就是此類，他本是落魄秀才，自宮入宮，並逐步得到英宗的信任，成為權傾一時的太監。不過相比戰爭閹割入宮的太監，私自閹割入宮的太監往往受到鄙夷。

影視劇中的太監

但儘管如此，還是很多人私自閹割以求進宮，並形成所謂淨軍，明代陸蓉所著《菽園雜記》卷二有所記載，謂：

“京畿民家，羨慕內官富貴，私自閹割幼男，以求收用；亦有無籍子弟，已婚而自閹者。禮部每為奏請，大率御批之出，皆免死，編配口外衛所，名淨軍。”

即淨軍是因民家羨慕太監富貴，私自閹割希望進入皇宮，但皇宮遠遠不能吸納如此多的太監，又不能處死，所以就編配為軍，名“淨軍”。

另外，對一些失寵的太監，往往以編入淨軍作為懲罰。如明代對有罪的太監，或發往孝陵種菜，或謫至鳳陽黃陵司香，明末魏忠賢就曾“謫鳳陽祖陵司香”；再如《明史》宦官汪直傳載，東廠太監尚銘，“謫充南京淨軍”。

晚明魏忠賢也曾有組織四萬“淨軍”，崇禎皇帝也曾組織三千“淨軍”，其中組成淨軍的太監，大概也不止私自閹割的太監。

清入關以後，順治時期，曾在設內官十三衙門，與明代的二十四衙門類似，康熙即位以後，立即廢除，將權力收歸內務府。此後，清朝更是對太監之權作出種種限制，乾隆十六年，更是對太監名額作出限制，定為三千三百名，這個數字在晚清還有所縮減。相對明代來說，清代太監數量很少，明代僅萬曆元年之六年，就新增太監六千多名（《明通鑑》）。乾隆還編纂《國朝宮史》一書，對皇宮各處太監都做詳細的規定。

因為對太監管理嚴格，所以清代出現大量太監逃亡事件，而相反，王公大臣對太監的管理較寬鬆，所以不少皇宮太監逃跑之後，又改名換姓投充到王公大臣之家，以致皇宮不得不向王公大臣索要太監。所以，清代太監數量較少，也就不可能有“淨軍”。

不過，“淨軍”還有另外一種意思，是指打掃宮廷廁所等的太監，這裡的“淨軍”當與“淨所”相對。