內部交易是阿米巴經營模式中一個重要環節，透過內部交易，使企業內部上下道工序之間以價格為紐帶，以服務或者產品進行約定交換，統一結算交易，最終達成企業的內部交易。
比如採購的原材料要賣給生產部門，生產部門的產品要賣給銷售部門，銷售部門的產品要賣給客戶，其中的過程就是內部交易。 以某企業的一個產品為例，該產品在生產環節分為A、B、C三道工序，分別被劃分為三個生產巴，其中B生產巴作為一個獨立的阿米巴組織，自主經營，獨立核算，如同一個獨立運作的小企業。它可以向A生產巴按約定價格購進半成品，然後再將加工好的半成品以約定的價格賣給C生產巴，錢貨兩清就算是實現了銷售。 B生產巴與A、C兩個生產巴之間進行交易就像3個小企業之間的經營一樣，這個阿米巴生產的產品賣給下一個阿米巴，透過內部交易進行獨立核算。
反過來，如果企業銷售巴接到的訂單價格下降了，這個價格也會直接傳到企業的內部市場， 那就是營銷傳到生產，生產各巴逐級上傳，直到原料採購。 因為各巴之間都是買賣關係，都需要對自己的利潤負責，所以自然會一層一層傳下去， 這樣一來市場壓力不僅傳到了企業內部，而且還會被分解消化。
除此以外，透過推行阿米巴經營模式，還能夠讓企業內部的資源合理流動，比如人員流動。由於每個阿米巴經營組織都需要根據成本最小和利潤最大的原則進行勞動組織最佳化，這就會形成每個阿米巴組織的內部家庭式約束機制，對於那些效率低，技能差，不積極的員工來說，如不改進必遭組織淘汰。其次巴長和組員也會自我主動改進，積極在內部尋求適合本巴的人才，這樣自然在企業內部形成一種良性的人才流動。
推行阿米巴經營模式，企業的內部市場要和外部市場形成有效對接，要將外部市場的各種壓力傳遞給每一個員工，進而調動員工在本崗位創造價值的積極性。同時透過科學的績效考核等方法，發揮制度約束人和激勵人的作用，保障內部市場有序執行 。
實行內部交易還需要注意，即在內部交易開展之前需要形成“敬天愛人”的經營哲學，管理者需要具有“利他”之心，不能為了本巴的利益與其他巴產生嚴重的利益衝突，匯入阿米巴經營模式，目的就是為了讓企業的整體利益最大化。
內部交易是阿米巴經營模式中一個重要環節，透過內部交易，使企業內部上下道工序之間以價格為紐帶，以服務或者產品進行約定交換，統一結算交易，最終達成企業的內部交易。
比如採購的原材料要賣給生產部門，生產部門的產品要賣給銷售部門，銷售部門的產品要賣給客戶，其中的過程就是內部交易。 以某企業的一個產品為例，該產品在生產環節分為A、B、C三道工序，分別被劃分為三個生產巴，其中B生產巴作為一個獨立的阿米巴組織，自主經營，獨立核算，如同一個獨立運作的小企業。它可以向A生產巴按約定價格購進半成品，然後再將加工好的半成品以約定的價格賣給C生產巴，錢貨兩清就算是實現了銷售。 B生產巴與A、C兩個生產巴之間進行交易就像3個小企業之間的經營一樣，這個阿米巴生產的產品賣給下一個阿米巴，透過內部交易進行獨立核算。
反過來，如果企業銷售巴接到的訂單價格下降了，這個價格也會直接傳到企業的內部市場， 那就是營銷傳到生產，生產各巴逐級上傳，直到原料採購。 因為各巴之間都是買賣關係，都需要對自己的利潤負責，所以自然會一層一層傳下去， 這樣一來市場壓力不僅傳到了企業內部，而且還會被分解消化。
除此以外，透過推行阿米巴經營模式，還能夠讓企業內部的資源合理流動，比如人員流動。由於每個阿米巴經營組織都需要根據成本最小和利潤最大的原則進行勞動組織最佳化，這就會形成每個阿米巴組織的內部家庭式約束機制，對於那些效率低，技能差，不積極的員工來說，如不改進必遭組織淘汰。其次巴長和組員也會自我主動改進，積極在內部尋求適合本巴的人才，這樣自然在企業內部形成一種良性的人才流動。
推行阿米巴經營模式，企業的內部市場要和外部市場形成有效對接，要將外部市場的各種壓力傳遞給每一個員工，進而調動員工在本崗位創造價值的積極性。同時透過科學的績效考核等方法，發揮制度約束人和激勵人的作用，保障內部市場有序執行 。
實行內部交易還需要注意，即在內部交易開展之前需要形成“敬天愛人”的經營哲學，管理者需要具有“利他”之心，不能為了本巴的利益與其他巴產生嚴重的利益衝突，匯入阿米巴經營模式，目的就是為了讓企業的整體利益最大化。