這裡所說的根系修剪，並不是直接修剪根系，而是指透過中耕、施肥或深翻，切斷部分根系，起到修剪的作用。幼樹定植和大樹移栽時，可直接修剪根系，主要是剪去劈裂根、折斷根或患有根部病害的部分根系。當然，果園中耕、深翻擴穴的目的，是為加厚土層和改善土壤的理化性狀，而不是為了修剪根系，但生產實踐表明，適度深耕是增強果樹根系活性的有效措施，因而有些地方稱果園深耕為根系修剪。 果樹根系的修剪適時、適量，能在短期內恢復甚至超過原來的根系生長量，由於大量新吸收根的形成，可以大大提高整個根系的活力。根系修剪後，雖然在短期內地上部的生長，可能暫時受到抑制，但由於葉面積增加和光合效能的增強，能使根系的活力迅速恢復，增強對鈣、磷等礦質營養的吸收能力。所以有些果園採取斷根措施，抑制過旺地營養生長，促進花芽形成。 果樹根系修剪（深翻擴穴）的適宜時間，是在果實採收以後。此時地溫尚高，利於新根再生。部分根系遭受損傷後，不會影響整個樹體，反而可以抑制秋梢生長。如果地上部的葉片完整，有足夠的光合產物輸送到根部，可以為傷根的恢復和新根的發生提供足夠的營養供應。試驗結果表明，果樹的大部分吸收根，分佈在地表下10～90釐米的範圍內，因此，每年深耕或深刨樹體兩側的行間，隔年進行輪換，深翻深度50釐米左右，是較為適宜的。耕翻過深，傷根過多，會影響葉片的光合效能，進而影響花芽分化。在深翻或深刨的同時，施入足夠的腐熟有機肥料，可以促進根系的恢復和新根的發生。但過度傷根，可能造成減產。