黴菌毒素是飼料中真菌的次級代謝產物。而飼料中一些黴菌毒素的濃度水平不足以產生病理性的變化，但是其會抑制免疫功能和減弱免疫系統對疾病的抵禦能力。黴菌毒素的存在會長期不斷地弱化參與免疫介導細胞的增殖和分化能力，並減弱細胞免疫和體液免疫之間的通訊渠道，進而引起機體的免疫抑制。

黴菌毒素引起的免疫抑制常表現為T淋巴細胞或B淋巴細胞的活動減弱，免疫球蛋白和抗體產生量降低，補體和干擾素的活動減弱，巨噬細胞效應器的功能受損。雖然黴菌毒素引起免疫抑制的機制還不十分明確，但是一些黴菌毒素引起免疫抑制表現還是非常明確的，如透過不同機制直接或間接抑制DNA、RNA和蛋白質的合成。

危害胃腸道免疫功能

嘔吐毒素是一種由鐮刀菌屬產生的單端孢黴烯族黴菌毒素。在家畜中，豬對嘔吐毒素最為敏感，表現為採食量下降和增重降低。同時嘔吐毒素也會增加機體對傳染性病毒的易感性。黴菌毒素引起的經濟損失雖無法精確的計算，但是美國食品及藥物管理局估算平均每年由黃麴黴毒素、伏馬毒素和嘔吐毒素引起的經濟損失為9.32億美元。

腸道黏膜屏障可抵禦外來物質進入機體，如食物蛋白質、藥物、毒素、微生物和病菌。經口腔攝入的嘔吐毒素會最先暴露在胃腸道內，攻擊腸道的上皮細胞。嘔吐毒素會影響機體的黏膜免疫(包括先天免疫和適應性免疫)。而先天免疫系統的重要組成部分為腸道上皮細胞，腸道上皮細胞透過細胞之間的緊密連線和杯狀細胞分泌的粘液來起到免疫作用。研究表明，嘔吐毒素能透過增加腸道上皮細胞之間的通透性，影響豬腸道細胞的活力和增殖效能。一些黴菌毒素還能調節細胞因子的產生，如嘔吐毒素可增加腸上皮細胞TGF-β和IFN-γ的表達量。在細胞水平上，嘔吐毒素的主要毒性表現為阻斷DNA和RNA的合成，進而抑制蛋白質合成。嘔吐毒素會影響細胞分裂，如腸道內層細胞。應該注意的是嘔吐毒素還會引起一些胃腸道細胞凋亡，如在腸道黏膜、腸道顆粒上皮細胞和腸道隱窩上皮細胞。

病毒毒性增效作用

伏馬毒素和嘔吐毒素會對腸道清除呼腸弧病毒產生負面影響。2006年的研究表明，測定糞便中該病毒數量（澳靈動物健康現場監護箱），表明黴菌毒素抑制了腸道清除病毒的能力，即嘔吐毒素和T-2毒素可抑制機體對呼腸弧病毒的免疫應答反應。單端孢黴烯族毒素的釋放會增加腸道病毒的運載量，從而在感染過程中增強機體的炎症反應和不適性。而透過糞便排出的病毒會增加病毒在群體裡的傳播。

透過改變機體的新陳代謝和行為，黴菌毒素導致奶牛產奶量降低。一些黴菌毒素損害奶牛的肝臟、腎臟和繁殖功能。其他的代謝損傷則具有較小的器官特異性，如潛在地抑制免疫機能，導致奶牛對傳染性疾病和其他疾病的易感性增高。在大多數情況下，黴菌毒素導致奶牛的採食量減少。當給奶牛飼餵含有黴菌毒素的黴變飼料時，奶牛較低的採食量以及因此而帶來的產奶量減少是奶牛養殖場常見的現象。另外，由於飼料中有害的黴菌毒素可轉移到牛奶中，這是另一個令奶牛生產者頭疼的問題。這種情況一旦發生，牛奶的質量降低，食品出現安全問題，黴菌毒素是致癌的物質，損害人類健康。對奶牛生產造成不利影響的主要黴菌毒素有黃麴黴毒素和不同種類的鐮刀菌毒素。危害奶牛的黴菌毒素黃麴黴毒素由真菌黃麴黴菌產生。這是一個熱帶或亞熱帶的黴菌，喜好高溫高溼 　　或高溫乾旱的環境條件。黃麴黴毒素損害奶牛的肝臟組織，破壞肝臟功能，嚴重地導致死亡；黃麴黴毒素損害機體的免疫系統，導致動物容易感染疾病，發病率上升。奶牛採食黴變飼料的其他常見症狀還有：飼料採食量減少，產奶量降低，體細胞數增加等。