性染色體上的基因都是伴性遺傳

生物界中雄性或雌性體細胞中（XY或ZW）兩條異型的性染色體,形態大小是不一樣的,如人類的性染色體XY有同源區和非同源區（如下圖）.如果生物的性狀是由X非同源區的基因控制的,其遺傳方式與性別有關,如人類的白化病、色盲、進行性營養不良（隱性）,抗維生素D佝僂病（顯性）；生物的性狀是由Y非同源區的基因控制的,其遺傳方式只限男性,如耳廓多毛的遺傳,生物學上稱這之為X（Y）－連鎖；位於X染色體和Y染色體同源區段的基因就稱為X和Y連鎖也稱為不完全性連鎖.這個區段稱為假常染色體同源區.

1、假常染色體同源區：

在一對異形性染色體中,有部分割槽段是同源的,此段區域稱為假常染色體同源區,減數分裂時可以聯會.也有另一部分割槽段是不同源的,在減數分裂時不配對.位於X染色體不同源區域的基因和Y染色體不會發生交換,稱為X（Z）-連鎖（X-linkage）,同樣位於Y染色體上的非同源區域的基因就稱為Y（W）-連鎖（Y-limkage）.位於X染色體和Y染色體同源區段的基因就稱為X和Y連鎖（X and Y linkage）,由於這一區域有交換重組的可能,所以也稱為不完全性連鎖.如斯特恩（Stern）發現果蠅的剛毛有一種突變型,剛毛變短,稱截剛毛（bobbed bristles）,它的遺傳其正反交的結果不是F1表現型不同,而是F2表現型不同,只能推論Y染色體上有相應的等位基因存在才可得到很好的解釋.這也是唯一X和Y連鎖的例子.

2、不完全性連鎖遺傳與常染色體遺傳及伴X遺傳的關係

常染色體遺傳：病白化病男女群體的發病率基本相同,某一對夫婦的孩子男女的發病率也基本相同.

伴X遺傳：色盲病男女群體的發病率不同,某一對夫婦的孩子男女的發病率可相同也可不同.

不完全性連鎖遺傳：果蠅雌雄群體的截剛毛比例基本相同,某一對果蠅後代雌雄截剛毛的比例可相同也可不同. 伴Y染色體遺傳（Y-連鎖遺傳）：限雄.Y染色體上基因很少,而X染色體上又沒有相應的等位基因,因此無論是顯性還是隱性都可以表達,直到現在人類Y連鎖的唯一例子就是毛耳緣,即成年男性外耳道長出叢生硬毛,長約2-3cm,伸於耳道之外.在魚類中Y連鎖遺傳的例子還是有的,如背鰭上的斑點就屬於Y連鎖遺傳.總之,從群體上看,不完全性連鎖遺傳像常染色體遺傳；從一對親代雜交上看,不完全性連鎖遺傳又像伴性遺傳.