根據酶的功能，通常將酶分為以下幾類

（1）氧化還原酶類分氧化酶和脫氫酶兩種。在體內參與產能、解毒和某些生理活性物質的合成。

（2）轉移酶類。參與核酸、蛋白質、糖及脂肪的代謝與合成。

（3）水解酶類。這類酶催化水解反應，使有機大分子水解成簡單的小分子化合物。例如，脂肪酶催化脂肪水解成甘油和脂肪酸，是人類應用最廣的酶類。

（4）裂合酶類。這類酶能使複雜的化合物分解成好幾種化合物。

（5）異構酶類。它專門催化同分異構化合物之間的轉化，使分子內部的基因重新排列。例如，葡萄糖和果糖就是同分異構體，在葡萄糖異構酶的催化下，葡萄糖和果糖之間就能互相轉化。

（6）合成酶類。這類酶使兩種或兩種以上的生命物質化合而成新的物質。

許多酶構成一個有規律的酶系統，它們控制和調節複雜的生命的代謝活動。早期的酶工程技術主要是從動物、植物、微生物材料中提取、分離、純化製造各種酶製劑，並將其應用於化工、食品和醫藥等工業領域。20世紀70年代後，酶的固定化技術取得了突破，使固定化酶、固定化細胞、生物反應器與生物感測器等酶工程技術迅速獲得應用。隨著第三代酶製劑的誕生，應用各種酶工程技術製造精細化工產品和醫藥用品，及其在化學檢測、環境保護等各個領域的有效應用，使酶工程技術的產業化水平在現代生物技術領域中名列前茅，並正在與基因工程、細胞工程和微生物工程融為一體，形成一個具有很大經濟效益的新型工業門類。

根據酶所催化的反應性質的不同，將酶分成六大類：

1、氧化還原酶類：　　

促進底物的氧化或還原。

2、轉移酶類：

　　促進不同物質分子間某種化學基團的交換或轉移。

3、水解酶類：

　　促進水解反應。

4、裂合酶類：

　　催化從底物分子雙鍵上加基團或脫基團反應，即促進一種化合物分裂為兩種化合物，或由兩種化合物合成一種化合物。

5、異構酶類：

　　促進同分異構體互相轉化，即催化底物分子內部的重排反應。

6、合成酶類：

　　促進兩分子化合物互相結合，同時ATP分子(或其它三磷酸核苷)中的高能磷酸鍵斷裂，即催化分子間締合反應。