1.阿笠博士 2.灰原哀（宮野志保）（TV 129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件 兩小時特別篇） 3.服部平次（TV版本57~58福爾摩斯迷殺人事件） 4.工藤優作（其父） 5.工藤有希子（其母） 6.貝爾摩德（即Vermouth/苦艾酒，與新一的母親是朋友，見過新一小時候的照片） 7.怪盜基德（黑羽快鬥）（劇場版世紀末的魔術師中化妝成白鳥警官偷聽柯南的電話） 8.本堂瑛佑 （柯南親口承認） 9.宮野明美（Miyano Akemi），即灰原哀（宮野志保）的姐姐 （親口承認，TV128黑暗組織10億元搶劫事件，已死） 10.魯邦三世（魯邦三世VS名偵探柯南）2小時特別版 11.不二峰子（魯邦三世VS名偵探柯南）2小時特別版 12.次元大介（魯邦三世VS名偵探柯南）2小時特別版 13.石川五右衛門（魯邦三世VS名偵探柯南）2小時特別版 14.Irish （真實身份未知，已死亡，見劇場版13 漆黑的追蹤者，根據指紋對照證實） 15.澤田弘樹（諾亞方舟，見劇場版6貝克街的亡靈，已死） 16.赤井秀一（紅與黑的碰撞系列版） 注：關於知道他真實身份的角色中，澤田弘樹和伊東未彥是有爭議的。澤田弘樹死後的思想儲存在了計算機裡，因此有人說是計算機的分析得出了柯南就是工藤新一的結論；有人認為伊東未彥知道他的真實身份，在此解釋一下，指紋對照確實知道了他是工藤新一，但不知道柯南＝工藤新一。 另注：在532話出場的莊堂胡桃在533話《呼喚過去的傷痕》中對柯南說的一句話,(即是： 莊堂胡桃：原以為是還沒變聲的矮個子高中生，沒想到是這麼小的孩子，就好像夏洛克福爾摩斯裝成小孩子的樣子呢！ 柯南：是，是嗎？ 莊堂胡桃： 我看得見普通人看不見的東西哦。)證明她也有可能知道柯南的身份（不過她知道柯南身份的途徑暫時未知）。 高木涉 (304.震動的警視廳~1200萬人質（特別篇13）中，高木刑警與柯南被困在裝有炸彈的電梯裡時，兩人有一段對白： 高木涉：啊，哪裡。柯南君。能不能告訴我另一件事？你，到底是何方神聖？ 柯南：啊，你想知道的話，就告訴你好了。等到那個世界的時候 而後來柯南把炸彈拆了，所以自然不復存在什麼高木涉知道柯南是新一，只是懷疑柯南是何方神聖而已~~。
1.阿笠博士 2.灰原哀（宮野志保）（TV 129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件 兩小時特別篇） 3.服部平次（TV版本57~58福爾摩斯迷殺人事件） 4.工藤優作（其父） 5.工藤有希子（其母） 6.貝爾摩德（即Vermouth/苦艾酒，與新一的母親是朋友，見過新一小時候的照片） 7.怪盜基德（黑羽快鬥）（劇場版世紀末的魔術師中化妝成白鳥警官偷聽柯南的電話） 8.本堂瑛佑 （柯南親口承認） 9.宮野明美（Miyano Akemi），即灰原哀（宮野志保）的姐姐 （親口承認，TV128黑暗組織10億元搶劫事件，已死） 10.魯邦三世（魯邦三世VS名偵探柯南）2小時特別版 11.不二峰子（魯邦三世VS名偵探柯南）2小時特別版 12.次元大介（魯邦三世VS名偵探柯南）2小時特別版 13.石川五右衛門（魯邦三世VS名偵探柯南）2小時特別版 14.Irish （真實身份未知，已死亡，見劇場版13 漆黑的追蹤者，根據指紋對照證實） 15.澤田弘樹（諾亞方舟，見劇場版6貝克街的亡靈，已死） 16.赤井秀一（紅與黑的碰撞系列版） 注：關於知道他真實身份的角色中，澤田弘樹和伊東未彥是有爭議的。澤田弘樹死後的思想儲存在了計算機裡，因此有人說是計算機的分析得出了柯南就是工藤新一的結論；有人認為伊東未彥知道他的真實身份，在此解釋一下，指紋對照確實知道了他是工藤新一，但不知道柯南＝工藤新一。 另注：在532話出場的莊堂胡桃在533話《呼喚過去的傷痕》中對柯南說的一句話,(即是： 莊堂胡桃：原以為是還沒變聲的矮個子高中生，沒想到是這麼小的孩子，就好像夏洛克福爾摩斯裝成小孩子的樣子呢！ 柯南：是，是嗎？ 莊堂胡桃： 我看得見普通人看不見的東西哦。)證明她也有可能知道柯南的身份（不過她知道柯南身份的途徑暫時未知）。 高木涉 (304.震動的警視廳~1200萬人質（特別篇13）中，高木刑警與柯南被困在裝有炸彈的電梯裡時，兩人有一段對白： 高木涉：啊，哪裡。柯南君。能不能告訴我另一件事？你，到底是何方神聖？ 柯南：啊，你想知道的話，就告訴你好了。等到那個世界的時候 而後來柯南把炸彈拆了，所以自然不復存在什麼高木涉知道柯南是新一，只是懷疑柯南是何方神聖而已~~。