1、港澳通行證跟護照同屬於國家出入境證件，而最大的區別則是目的地不同。

2、港澳通行證的目的地主要是香港以及澳門這兩個特別行政區；而護照的目的地則是第三國家。

3、港澳通行證則是國內的居民因私往來香港或澳門特別行政區旅遊、探親、從事商務、培訓、就業等非公務活動時所用。在辦理港澳通行證的時候一般會簽註，可以自己選擇一年幾次。

4、港澳通行證(自由行)享有的主要優勢：

可以單獨出發，用個人身份，在有效簽註時間內根據簽註條件自由往返簽註指定地區，所以叫自由行；

5、沒開通自由行地區的赴港澳的通行證：

A、L簽註--就是跟戶口所在地組織的旅行團，集中辦理證件、證件除了出入海關，也是集中管理，集中出入，不可以單獨出入海關。旅行社一般都有為每個人做了擔保的，如出了問題，他們要被公安請去喝茶的。當然也有自己單獨到了某海關，自己找團一起出境的，那要化跟團的銀子的，也是一個辦法。

B、商務簽註--具備申請港澳商務簽註資格的公司(詳細條件公安局有規定)出面申請(其實也是擔保)，可為該公司員工辦理商務簽註，這個可以戶口在哪裡沒有關係，只要公司願意為你申請就可以。

出入境通行證和護照有什麼區別？

簡單的說，護照是出國用的身分證件。出入境通行證，是出境用的身分證件，主要就是去：港澳臺。

我們必須要面對現實，目前的中國，有兩個收回來的特區：香港、澳門，有一個還在努力追求統一，但實際上不歸大陸管轄的：臺灣。因此，去港澳臺這三個地方，都不是出國，所以，絕對不能用 護照 出入境中國，但是，又都還不能只使用 身分證 過關的程度。

因此，大陸為了管理去這些地方，特別為出入境港澳臺，設定了：往來香港、澳門通行證，往來臺灣通行證，這兩種 通行證，規定只要去港澳臺，出境大陸、入境回大陸，都必須要用通行證，而不能用護照。

比較特別的例子是，如果是要從香港、澳門轉機或搭機去其他國家，那香港、澳門是接受入境時，用護照的。

大陸也開放重慶、南昌、昆明三個城市出發的旅客，可以到臺灣轉機，因此，這三個機場出發的乘客，如果不入境臺灣，只在臺灣相同機場轉機，也可以用護照出境大陸，這算是僅有的特例。