一些水果或者蔬菜還是去皮為好，因為這些水果蔬菜皮中可能難以清除髒東西，或者苦澀味道實在不好；又或者這些皮中含有人體無法攝入的或者有微毒性的物質，因此我們要去除它們，例如紅薯皮最好去掉，因為很多有害物質會被吸收在紅薯皮中。它的皮含鹼多，食用過多會引起胃腸不適。而且，呈褐色和黑褐色斑點的紅薯皮是受了“黑斑病菌”的感染，能夠產生“番薯酮”和“番薯酮醇”。進入人體會損害肝臟，並引起中毒。還有一些經營烤紅薯的攤主為節儉本錢而選用焦炭作為燃料，產生的二氧化硫等有害物質也很輕易沉積在紅薯皮中。土豆皮最好是去掉，土豆皮裡含有配糖生物鹼，並且這種有毒物質幾乎全部集中在土豆皮裡，尤其是長了芽和皮色發青的土豆，含很多龍葵鹼，如果大量食用可能導致中毒。例如柿子皮，柿子所含的鞣酸這種物質在胃酸的作用下，會與食物中的蛋白質起化合作用生成沉澱物即柿石，易使人引起上腹部不適、飽脹、食慾不振等症。因此，不要吃未去皮的柿子，也不要空腹吃柿子。

不過也有很多蔬菜和水果皮是可以吃的，而且富含更多營養成分，吃了對人體有利。茄子是心血管病人的食療佳品，大量營養物質蘊藏在茄子皮中。茄子去皮後不僅會降低保健價值，還影響人體對鐵的吸收；番茄紅素是迄今發現的抗氧化能力最強的天然物質，能防治心血管疾病，預防癌症，在番茄皮中含量最多。黃瓜皮中含較多的苦味素，是黃瓜的營養精華所在。食用帶皮黃瓜不僅可使維C充分吸收，而且能幫助人體有效排毒。此外，黃瓜皮還有抗菌消炎的作用。很多水果皮中也富含更多黃酮類物質，例如蘋果、脆梨，但有些水果皮厚味苦難以下嚥，例如柚子、橙子，但這些皮可以收藏起來，曬乾後能製成食物，也可以起到冰箱中除臭、去異味的效果。