一、降低癌症發病率：肝臟能約束及中和毒素，以便把毒素排除。不過，腸道內的害菌卻有能力解開束縛，使毒素被釋散及再次摻入血液中。這種情形會導致癌症的形成。然而益菌能防止害菌解開束縛，並有助於中和毒素代謝物。另外益生菌還能生產丁酸，幫助消減由膳食亞硝按所致的癌變。

二、緩解食物不耐症及過敏症狀：害菌會依附在腸壁上，腸道襯層裡的那些通常只能讓營養素穿過的篩網狀小孔就會擴大。如此一來就造成更大的分子滲進體內迴圈的血液中，而免疫系統就會向這些體積較大的分子發動攻勢，導致食物不耐症，甚至過敏症狀。這種情況也加重了免疫系統的負荷，造成免疫系統無法集中力量對抗其他嚴重的外來侵害。

三、促進消化及營養吸收：良好的消化和吸收機能是煥發健康活力的第一步，也是最重要的途徑。

益生菌能幫助人體從所攝食的各種食物中盡享其益。

益生菌能清理微絨毛之間的空間，這麼一來便能增進各種食物營養素的吸收。腸道內的益菌群不僅能促進消化和吸收，還能幫助抑制脹氣和胃氣脹。

益生菌負責啟用巨噬細胞和淋巴細胞，使這些白血球能發揮作用，攻擊和消滅致病的細菌。

益生菌還能生產好幾種天然抗生素以抑制致病害菌的生長。

五、降減膽固醇量：只要有足夠的數量，

益生菌亦能幫助抑制過量膽固醇生成，並將膽固醇代謝為能量及加以分解，以便更容易予以清除及排出體外。

益生菌還能將膽鹽進一步加以分解，以降減血液中的膽固醇量。