食用鮮銀耳可能導致中毒，食藥監總局指出，鮮銀耳因受培植環境及土壤的影響，容易汙染致病菌併產生毒素。誤食有毒或者變質的鮮銀耳可能會導致嘔吐、腹痛，甚至出現黃疸、血尿及抽搐等症狀。

乾製銀耳保留了多糖、維生素、礦物質等營養物質，鮮銀耳的營養不會比干銀耳豐富多少。資料顯示，鮮銀耳中米酵菌酸(引起食物中毒的毒素)的檢出率遠遠大於幹銀耳。因此，最好遠離鮮銀耳。

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市面上常見的銀耳大都是乾製的，買回家泡發後再烹調食用。最近，市場上開始銷售“鮮銀耳”。憑藉這個“鮮”字，吸引了不少追求健康飲食的消費者，再加上它外觀如花朵般，潔白如玉，更是受到很多女性消費者的青睞。

很多朋友認為鮮銀耳“純天然、無新增、營養好、更健康”，然而事實並非如此，鮮銀耳的營養與幹銀耳相當，卻存在潛在的食品安全風險。

鮮銀耳較幹銀耳而言，不好運輸和儲存，還容易汙染一種細菌——椰毒假單胞菌酵米麵亞種（簡稱椰酵假單胞菌）。這種菌對銀耳有特殊偏好，也就是說，這種菌在銀耳上更易生長。

這種菌本身毒性並不大，但它能產生一種叫“米酵菌酸”的毒性代謝產物。這種代謝物毒性極強，能造成肝臟、腎臟、心臟、腦等臟器的損傷，嚴重者會死亡。米酵菌酸還耐熱，一般烹調方式不能殺滅它。