根據功能的不同，免疫器官分為中樞免疫器官和外周免疫器官。
中樞免疫器官是免疫細胞發生分化，成熟的場所，人的中樞免疫器官包括骨髓和胸腺（以前被認為是廢棄組織）。
外周免疫器官是成熟淋巴細胞定居的場所，也是這些細胞接受抗原刺激，發生免疫應答的部位。主要包括淋巴結、脾臟和粘膜相關的淋巴組織。
免疫系統的生物學功能就是對抗原物質發生免疫應答，從而使機體能透過免疫防護、免疫自穩和免疫監視三大機制，來適應多變的外環境，並保持內環境的平衡與穩定。
免疫應答是指機體的免疫系統在接觸抗原後，抗原特異性淋巴細胞(即指其抗原受體能特異性地識別該抗原)因抗原激發而活化、增殖、分化，表現出一定效應功能的過程。免疫應答可分成三個階段。第一階段為感應階段：即免疫活性細胞完成對抗原的識別。B淋巴細胞表面帶有免疫球蛋白結構的抗原受體(SmIg或BCR)，能直接與相應抗原決定基接觸。而T細胞表面的抗原受體TCR不能直接識別抗原物質，它只能識別經APC加工、處理後的抗原肽。免疫應答的第二階段是增殖、分化階段。抗原特異性的T、B淋巴細胞接受抗原刺激後，即可發生增殖、分化，形成效應細胞與記憶細胞。效應細胞能合成、釋放生物活性物質，如由啟用的B分化而成的漿細胞能合成特異性抗體分子，即免疫球蛋白分子；而活化的T效應細胞可產生多種細胞因子。它們參與第三階段——效應階段，即效應細胞、效應分子與相應抗原發生相互作用的階段，如漿細胞產生的抗體分子可與相應抗原結合，以達中和毒素、促進吞噬等作用。透過免疫應答，達到清除“異物”的作用，它不僅包括外來的病原體，異種蛋白等來自異體的物質，還包括體內的異常細胞，如病毒感染細胞、腫瘤細胞等。在抗原刺激下，T細胞發生的免疫應答是以產生特異性啟用的效應T細胞和多種細胞因子為特點，介導細胞免疫；而B細胞介導的免疫應答最後能產生特異性抗體，並將之分泌人體液，故把B細胞介導的免疫應答稱體液免疫。
當機體第一次接觸抗原時，產生的免疫應答為初次應答。其潛伏期長，產生以IgM為主的抗體，其效價低，與抗原結合的親和力也低，維持時間相應較短；而當免疫細胞再次與相同抗原接觸，則因體內已存有特異性的記憶細胞，記憶細胞能快速增殖，從而觸發再次應答。再次應答潛伏期短，可產生高效價，高親和力以IgG為主的抗體，維持時間較長。
根據功能的不同，免疫器官分為中樞免疫器官和外周免疫器官。
中樞免疫器官是免疫細胞發生分化，成熟的場所，人的中樞免疫器官包括骨髓和胸腺（以前被認為是廢棄組織）。
外周免疫器官是成熟淋巴細胞定居的場所，也是這些細胞接受抗原刺激，發生免疫應答的部位。主要包括淋巴結、脾臟和粘膜相關的淋巴組織。
免疫系統的生物學功能就是對抗原物質發生免疫應答，從而使機體能透過免疫防護、免疫自穩和免疫監視三大機制，來適應多變的外環境，並保持內環境的平衡與穩定。
免疫應答是指機體的免疫系統在接觸抗原後，抗原特異性淋巴細胞(即指其抗原受體能特異性地識別該抗原)因抗原激發而活化、增殖、分化，表現出一定效應功能的過程。免疫應答可分成三個階段。第一階段為感應階段：即免疫活性細胞完成對抗原的識別。B淋巴細胞表面帶有免疫球蛋白結構的抗原受體(SmIg或BCR)，能直接與相應抗原決定基接觸。而T細胞表面的抗原受體TCR不能直接識別抗原物質，它只能識別經APC加工、處理後的抗原肽。免疫應答的第二階段是增殖、分化階段。抗原特異性的T、B淋巴細胞接受抗原刺激後，即可發生增殖、分化，形成效應細胞與記憶細胞。效應細胞能合成、釋放生物活性物質，如由啟用的B分化而成的漿細胞能合成特異性抗體分子，即免疫球蛋白分子；而活化的T效應細胞可產生多種細胞因子。它們參與第三階段——效應階段，即效應細胞、效應分子與相應抗原發生相互作用的階段，如漿細胞產生的抗體分子可與相應抗原結合，以達中和毒素、促進吞噬等作用。透過免疫應答，達到清除“異物”的作用，它不僅包括外來的病原體，異種蛋白等來自異體的物質，還包括體內的異常細胞，如病毒感染細胞、腫瘤細胞等。在抗原刺激下，T細胞發生的免疫應答是以產生特異性啟用的效應T細胞和多種細胞因子為特點，介導細胞免疫；而B細胞介導的免疫應答最後能產生特異性抗體，並將之分泌人體液，故把B細胞介導的免疫應答稱體液免疫。
當機體第一次接觸抗原時，產生的免疫應答為初次應答。其潛伏期長，產生以IgM為主的抗體，其效價低，與抗原結合的親和力也低，維持時間相應較短；而當免疫細胞再次與相同抗原接觸，則因體內已存有特異性的記憶細胞，記憶細胞能快速增殖，從而觸發再次應答。再次應答潛伏期短，可產生高效價，高親和力以IgG為主的抗體，維持時間較長。