印度河水系的主要河流以融雪為源。流量在一年中的不同時期迥然有異∶冬季（12～2月）流量最低，春季和初夏（3～6月）水位上升，雨季（7～9月）洪水出現，偶有蹂躪性暴洪。印度河及其支流所有的水都是在其流域上游山區獲得的。所以，它們在流出山麓時流量最大，在平原上幾乎沒有地表水流匯入，倒是由於蒸發和滲漏而大量失水。另一方面，在雨季之後時期，滲漏也可增加一些水。在印度河主流中，水位從12月中旬至2月中旬最低。此後河水開始上漲，最初緩慢，而在3月底較為迅速。高水位通常出如今7月中旬至8月中旬。此後河水急遽下降，直至10月初，水位開始較為平緩地減退。印度河年水量約1，440億立方碼－－略多於印度河水系總水量的一半。傑赫勒姆河與傑納布河合計水量約為1/4；拉維河、貝阿斯河與蘇特萊傑河合計水量構成水系總水量的其餘部分。大量的地理與歷史證據表明，自文明發端以來－－至少從4，000年以前的摩亨約-達羅（Mohenjo-daro）時代以來－－印度河從南旁遮普至海濱一段一直在改道。

印度河地表徑流一部分來自高山融雪，一部分來自季風降雨，前者變化較少，後者隨氣候而變化，但年徑流量的變化也不大，據1940－1975年的統計，印度河（不包括薩特萊傑河）的年衽流量，以1959－1960年最大，達2297．20億立方米，以1974－1975年最小，為1184，64億立方米。徑流的年內變化較大，4～9月的雨季平均水量佔全年的84%。

據1924－1978年實測資料統計，印度河干支流發生了多次洪水，其最大洪峰流量為：1955年薩特萊傑河洪峰流量16891立方米/秒，其支流比阿斯河最大洪峰流量14160立方米/秒。1955年拉維河，洪峰流量19244立方米/秒；1957年傑納布河瑪沙拉站洪峰流量31120立方米/秒；1929年傑赫勒姆河曼格拉站洪峰流量31120立方米/秒；1942年印度河上游洪峰流量23122立方米/秒；1973年傑納布河洪峰流量28300立方米/秒，印度河下游洪峰流量30500立方米/秒，巴基斯坦淹地360萬公頃，受災人口800萬。1976年印度河下游，蘇庫爾站洪峰流量33988立方米/秒，相當於50年一遇洪水。1976年洪水淹沒了809萬公頃土地，沖毀房屋1000萬間以上，死亡425人。