瓊脂糖是從瓊脂中提純出來的，主要是由D－半乳糖和3,6脫水L－半乳糖連線而成的一種線性多糖。瓊脂糖凝膠的製作是將乾的瓊脂糖懸浮於緩衝液中，通常使用的濃度是1％－3％，加熱煮沸至溶液變為澄清，注入模板後室溫下冷卻凝聚即成瓊脂糖凝膠。瓊脂糖主要在DNA製備電泳中作為一種固體支援基質。瓊脂糖之間以分子內和分子間氫鍵形成較為穩定的交聯結構，這種交聯的結構使瓊脂糖凝膠有較好的抗對流性質。瓊脂糖凝膠的孔徑可以透過瓊脂糖的最初濃度來控制，低濃度的瓊脂糖形成較大的孔徑，而高濃度的瓊脂糖形成較小的孔徑。儘管瓊脂糖本身沒有電荷，但一些糖基可能會被羧基、甲氧基特別是硫酸根不同程度的取代，使得瓊脂糖凝膠表面帶有一定的電荷，引起電泳過程中發生電滲以及樣品和凝膠間的靜電相互作用，影響分離效果。
瓊脂糖凝膠可以用於蛋白質和核酸的電泳支援介質，尤其適合於核酸的提純、分析。如濃度為1％的瓊脂糖凝膠的孔徑對於蛋白質來說是比較大的，對蛋白質的阻礙作用較小，這時蛋白質分子大小對電泳遷移率的影響相對較小，所以適用於一些忽略蛋白質大小而只根據蛋白質天然電荷來進行分離的電泳技術，如免疫電泳、平板等電聚焦電泳等。瓊脂糖也適合於DNA、RNA分子的分離、分析，由於DNA、RNA分子通常較大，所以在分離過程中會存在一定的摩擦阻礙作用，這時分子的大小會對電泳遷移率產生明顯影響。例如對於雙鏈DNA，電泳遷移率的大小主要與DNA分子大小有關，而與鹼基排列及組成無關。另外，一些低熔點的瓊脂糖（62 C時熔化，因此其中的樣品如DNA可以重新溶解到溶液中而回收。
由於瓊脂糖凝膠的彈性較差，難以從小管中取出，所以一般瓊脂糖凝膠不適合於管狀電泳，管狀電泳通常採用聚丙烯醯胺凝膠。瓊脂糖凝膠通常是形成水平式板狀凝膠，用於等電聚焦、免疫電泳等蛋白質電泳，以及DNA、RNA的分析。垂直式電泳應用得相對較少。
目前多用瓊脂糖為電泳支援物進行平板電泳，其優點如下：
1） 瓊脂糖凝膠電泳操作簡單，電泳速度快，樣品不需事先處理就可以進行電泳。
2） 瓊脂糖凝膠結構均勻，含水量大（約佔98%~99%），近似自由電泳，樣品擴散較自由電流，對樣品吸附極微，因此電泳圖譜清晰，解析度高，重複性好。
3） 瓊脂糖透明無紫外吸收，電泳過程和結果可直接用紫外光燈檢測及定量測定。
4） 電泳後區帶易染色，樣品極易洗脫，便於定量測定。製成幹膜可長期儲存。
瓊脂糖是從瓊脂中提純出來的，主要是由D－半乳糖和3,6脫水L－半乳糖連線而成的一種線性多糖。瓊脂糖凝膠的製作是將乾的瓊脂糖懸浮於緩衝液中，通常使用的濃度是1％－3％，加熱煮沸至溶液變為澄清，注入模板後室溫下冷卻凝聚即成瓊脂糖凝膠。瓊脂糖主要在DNA製備電泳中作為一種固體支援基質。瓊脂糖之間以分子內和分子間氫鍵形成較為穩定的交聯結構，這種交聯的結構使瓊脂糖凝膠有較好的抗對流性質。瓊脂糖凝膠的孔徑可以透過瓊脂糖的最初濃度來控制，低濃度的瓊脂糖形成較大的孔徑，而高濃度的瓊脂糖形成較小的孔徑。儘管瓊脂糖本身沒有電荷，但一些糖基可能會被羧基、甲氧基特別是硫酸根不同程度的取代，使得瓊脂糖凝膠表面帶有一定的電荷，引起電泳過程中發生電滲以及樣品和凝膠間的靜電相互作用，影響分離效果。
瓊脂糖凝膠可以用於蛋白質和核酸的電泳支援介質，尤其適合於核酸的提純、分析。如濃度為1％的瓊脂糖凝膠的孔徑對於蛋白質來說是比較大的，對蛋白質的阻礙作用較小，這時蛋白質分子大小對電泳遷移率的影響相對較小，所以適用於一些忽略蛋白質大小而只根據蛋白質天然電荷來進行分離的電泳技術，如免疫電泳、平板等電聚焦電泳等。瓊脂糖也適合於DNA、RNA分子的分離、分析，由於DNA、RNA分子通常較大，所以在分離過程中會存在一定的摩擦阻礙作用，這時分子的大小會對電泳遷移率產生明顯影響。例如對於雙鏈DNA，電泳遷移率的大小主要與DNA分子大小有關，而與鹼基排列及組成無關。另外，一些低熔點的瓊脂糖（62 C時熔化，因此其中的樣品如DNA可以重新溶解到溶液中而回收。
由於瓊脂糖凝膠的彈性較差，難以從小管中取出，所以一般瓊脂糖凝膠不適合於管狀電泳，管狀電泳通常採用聚丙烯醯胺凝膠。瓊脂糖凝膠通常是形成水平式板狀凝膠，用於等電聚焦、免疫電泳等蛋白質電泳，以及DNA、RNA的分析。垂直式電泳應用得相對較少。
目前多用瓊脂糖為電泳支援物進行平板電泳，其優點如下：
1） 瓊脂糖凝膠電泳操作簡單，電泳速度快，樣品不需事先處理就可以進行電泳。
2） 瓊脂糖凝膠結構均勻，含水量大（約佔98%~99%），近似自由電泳，樣品擴散較自由電流，對樣品吸附極微，因此電泳圖譜清晰，解析度高，重複性好。
3） 瓊脂糖透明無紫外吸收，電泳過程和結果可直接用紫外光燈檢測及定量測定。
4） 電泳後區帶易染色，樣品極易洗脫，便於定量測定。製成幹膜可長期儲存。