肯尼迪國際機場設有9個客運航站樓，各航站以U形格局圍繞機場中心區域的停車場、酒店、供電設施等設施。AirTrain和道路均接駁各個航站。第一航站有11個登機閘口。第一航站原為已結業的美國東方航空的樞鈕。新的第一航站樓是由四家國際航空公司（法航、日航、大韓、漢莎）聯合出資修建並於1998年建成。
第二航站在1962年啟用，為布蘭尼夫國際航空和西北航空的航站。西北航空和布蘭尼夫國際航空被達美航空收購後，航站的使用權轉至達美。第二航站有12個登機閘口。達美其望日後能將它旗下的兩個航站（第二及第三航站）合併成一個現代化的航站。
1960年，泛美航空在第三航站建造名為世界港（Worldport）的客運大樓。1970年，泛美為波音747客機的啟航作擴充。第三航站有17個登機閘口。第四航站是一個能夠處理空中客車A380的國際航站。Schiphol Group負責管理本航站，它是首家外國機場管理公司管理美國的機場航站。第四航站是國際抵步航班的樞紐。航站耗資14億美元興建，於2001年投入服務。本航站有兩個大堂和17個登機閘口。A大堂和B大堂分別有6個閘口和11個閘口。第四航站的AirTrain車站設於大樓內。
第五航站亦稱為“環球航空公司飛行中心（TWA Flight Center）”，2008年重建後成為捷藍航空的新航站。
1970年，National Airlines在第六航站建造有14個登機閘口的客運大樓—Sundrome。2006年6月1日， 捷藍航空在第六航站設立有7個登機閘口的臨時客運大樓。因而提升高航站的航班處理能力。
第七航站原先為英國海外航空和加拿大航空而建。1997年，紐新航港局與英航達成協議，決定擴充本航站。擴充後的航站有12個閘口。
第八航站將全面拆卸，使新的第九航站能全面投入服務。
航空交通控制塔
即塔臺。1994年開始運營的97.84米（321英尺）高的塔臺，其中包括的國家最先進的通訊，雷達，風切變預警系統。 紐約出租車與轎車委員會所營運的黃色計程車開始在2007年起，劃一規定從肯尼迪國際機場前往曼哈頓的路程均收費$45（不包括小費及過路費）。這項劃一收費（不包括小費及過路費）措施已經在2006年11月30日起，在由曼哈頓前往肯尼迪國際機場的計程車上實施。乘計程車前往曼哈頓的路程最快只需25分鐘。紐約出租車限載4名乘客；客貨車則限載5名乘客。
肯尼迪國際機場設有9個客運航站樓，各航站以U形格局圍繞機場中心區域的停車場、酒店、供電設施等設施。AirTrain和道路均接駁各個航站。第一航站有11個登機閘口。第一航站原為已結業的美國東方航空的樞鈕。新的第一航站樓是由四家國際航空公司（法航、日航、大韓、漢莎）聯合出資修建並於1998年建成。
第二航站在1962年啟用，為布蘭尼夫國際航空和西北航空的航站。西北航空和布蘭尼夫國際航空被達美航空收購後，航站的使用權轉至達美。第二航站有12個登機閘口。達美其望日後能將它旗下的兩個航站（第二及第三航站）合併成一個現代化的航站。
1960年，泛美航空在第三航站建造名為世界港（Worldport）的客運大樓。1970年，泛美為波音747客機的啟航作擴充。第三航站有17個登機閘口。第四航站是一個能夠處理空中客車A380的國際航站。Schiphol Group負責管理本航站，它是首家外國機場管理公司管理美國的機場航站。第四航站是國際抵步航班的樞紐。航站耗資14億美元興建，於2001年投入服務。本航站有兩個大堂和17個登機閘口。A大堂和B大堂分別有6個閘口和11個閘口。第四航站的AirTrain車站設於大樓內。
第五航站亦稱為“環球航空公司飛行中心（TWA Flight Center）”，2008年重建後成為捷藍航空的新航站。
1970年，National Airlines在第六航站建造有14個登機閘口的客運大樓—Sundrome。2006年6月1日， 捷藍航空在第六航站設立有7個登機閘口的臨時客運大樓。因而提升高航站的航班處理能力。
第七航站原先為英國海外航空和加拿大航空而建。1997年，紐新航港局與英航達成協議，決定擴充本航站。擴充後的航站有12個閘口。
第八航站將全面拆卸，使新的第九航站能全面投入服務。
航空交通控制塔
即塔臺。1994年開始運營的97.84米（321英尺）高的塔臺，其中包括的國家最先進的通訊，雷達，風切變預警系統。 紐約出租車與轎車委員會所營運的黃色計程車開始在2007年起，劃一規定從肯尼迪國際機場前往曼哈頓的路程均收費$45（不包括小費及過路費）。這項劃一收費（不包括小費及過路費）措施已經在2006年11月30日起，在由曼哈頓前往肯尼迪國際機場的計程車上實施。乘計程車前往曼哈頓的路程最快只需25分鐘。紐約出租車限載4名乘客；客貨車則限載5名乘客。