在臨床上根據自體幹細胞採集的方法不同分為骨髓幹細胞移植和外周血幹細胞移植。前者先在無菌條件下采集患者自體骨髓350～500ml，透過分離、純化等過程，製成含有足夠數量幹細胞的細胞懸液；後者是給患者注射4-5天粒系集落刺激因子，以動員骨髓幹細胞進入外周血，使其在外周血中達到一定數量，再用血細胞分離機分離出需要的幹細胞進行移植。

我們以糖尿病和糖尿病足為例來說明幹細胞的移植的過程：

利用自體幹細胞移植治療糖尿病時，我們將用以上方法制備好的幹細胞懸液透過動脈導管遷移到胰腺組織中，在胰腺組織微環境的誘導下分化增殖為胰島樣細胞並分泌胰島素。

在治療糖尿病足時，自體幹細胞移植的方法有兩種：下肢肌肉區域性注射和下肢動脈導管注射。兩種不同的移植方法在臨床上均取得了滿意療效。

首先，確認病人的外周血中沒有引起疾病復發的細胞如白血病細胞、骨髓瘤細胞、淋巴瘤細胞等；

其次，對病人進行造血幹細胞的動員，可以應用化療加或不加G-CSF，動員造血幹細胞到外周血來；

第三，對病人進行外周血幹細胞的單採，並對之進行儲存；

第四，對病人進行預處理；

第五，為病人回輸外周血造血幹細胞；

第六，進行支援治療和促進造血重建的治療