確實，如樓主所說，北師和南開各有各的優缺點，單論研究、專業方向，你選擇哪個方向都能找到對應的學校排名，學校的實力等，很容易就選擇出來了。

現在的問題是，你如何抉擇以後自己要學習哪個專業？

北師：理論物理強勢，國家重點，雖然導師少但是研究很先進，理論方面很強大。

南開：理論物理方面研究上不如北師，其他物理學二級學科較北師要好很多。

同時也可以考慮下以後就業影響方面，個人覺得南開要比北師在學校名氣上較高一些，這也是個考慮的方向。

所以，決定權還是你自己，單單論理論物理研究，不考慮學校整體名氣，就選北師。其他選南開吧，個人意見。

建議還是北師大吧，雖然說南開的物理歷史底蘊更強，吳大猷、饒毓泰等曾在此執鞭，李政道、丁肇中等都是名譽教授。其物理系前身為半導體物理、無線電物理和電真空物理三個教研室組成的電子科學系和光學物理教研室的一部分組成現代光學研究室，1998年物理系改建成物理科學學院。發展至今設定有物理學、光資訊科學與工程、應用物理學和材料物理學四個專業，光學是國家重點學科，主要偏重於光學和材料，各專業設定有外語、數學、力學、熱學、電磁學、光學、原子物理、基礎物理實驗班和現代物理實驗室等。

北師大在學科實力，尤其是理論物理的學科實力方面要更強一些，也有吳有訓這樣的著名物理學家在此執教，與其物理系相關的學科有天文系、低能和物理研究所、無線電系、分析測試中心、系統科學系等，經過長期發展，北師大物理系在統計物理、非線性科學、凝聚態物理、系統科學、相對論與天體物理、核物理等方面位居國內前列，在國際上也有較強的影響力。綜合看來北師大的物理學系實力更加均衡，偏向於基礎學科，而南開的物理科學學院偏向於應用，或者說更加偏向於光學和材料，就在物理學界的地位而言，北師大要更強一些。

就學校而言，南開是小規模偏應用型的綜合性大學，化學、經濟、數學、歷史是四大王牌；北師大是文理綜合性師範大學，雖然在學校排名上不如南開，但是北清人師航的江湖地位還是不可忽視，而且北京的地利之便也優於天津，所以建議選擇北師大為宜。

本人北師大理論物理碩士在讀。北師大理論物理自我感覺還是不錯的，其中相對論和統計物理的實力還是比較強的。量子場論的研究在全國排名還是不錯的，提問者還是可以考慮一下。