HLAI類分子 由重鏈(α鏈)和輕鏈(β2m)組成, α鏈為跨膜結構，其胞外段有α1、α2、α3結構域，HLAI類分子可分為四個區：

(1)肽結合區: 為與抗原多肽結合部位, 屬多型性區域，包括α1、α2結構域；

(2)Ig樣區: 與CTL表面CD8分子結合的部位,屬非多型性區域，即α3結構域；

(3)跨膜區：固定MHC-I類分子於膜上；

(4)胞漿區：參與胞內訊號傳遞；

(5)b２m：維持MHC-I類分子空間構型的穩定性。

HLAI類分子廣泛分佈於各種有核細胞及血小板表面。

HLAII類分子 由HLA基因編碼的α鏈和β鏈組成,胞外段分為α1、α2、β1、β2結構域。

(1)肽結合區: 由α1、β1結構域組成，為與抗原多肽結合部位, 屬多型性區域；

(2)Ig樣區: 由α2、β2結構域組成，與Th細胞表面CD4分子結合的部位,屬非多型性區域；

(3)跨膜區：固定MHC-II類分子於膜上；

(4)胞漿區：參與胞內訊號傳遞。

HLAII類分子主要表達在專職APC（如DC、單核/巨噬細胞、B細胞）、啟用T細胞表面和胸腺上皮細胞。

功能:

1、參與抗原加工和提呈

2、參與對免疫應答的遺傳控制 　

3、參與T細胞限制性識別

4、參與T細胞在胸腺的發育