HIV基因組為兩條相同的RNA單鏈，每條單鏈含有9749核酸，由結構基因和調節基因等組成。

結構基因有3個：

（1）gag基因（群抗原基因）、編碼核心蛋白p24.

（2）pol基因（多聚酶基因）、編碼核心多聚酶醫|學教育網蒐集整理。

（3）env基因（外膜蛋白基因）、編碼外膜蛋白gp120和gp41.結構基因主要編碼核心蛋白、多聚酶和外膜蛋白。

調節基因3個：

（1）tat基因（反式啟用因子）、對HIV基因起正調控作用醫|學教育網蒐集整理。

（2）rev基因（病毒蛋白表達調節因子）、增加gag和env基因對結構蛋白的表達醫|學教育網蒐集整理。

（3）nef基因（負因子）、有抑制HIV增殖作用。

調節基因主要透過調節蛋白作用於病毒基因組或其mRNA的某一段序列上。

還有4個基因：

（1）vif基因（病毒感染因子）、在一些細胞因子協同下，促進HIV在細胞內複製。

（2）vpr基因（R蛋白）、能使HIV在巨噬細胞中增殖。

（3）vpu基因（U蛋白）、促進HIV-1從細胞膜上釋放，僅在HIV-l中。

（4）vpx基因（X蛋白）、是HIV-2在淋巴細胞和巨噬細胞增殖所必需，能促進病毒粒子的形成，僅存在於HIV-2中。