這是一個非常有意思的問題，涉及到科學發展過程中對原子的認識，科學究竟是什麼，以及科學與哲學之間錯綜複雜的關係。

今天我們把體現元素化學性質的最小微粒稱為原子，而元素是組成宏觀物質的基本成分，換言之，元素是由原子組成的，原子是元素的最小單位。但在古希臘哲學那裡，並非如此，兩派（主張元素的柏拉圖、亞里士多德等人）和（主張原子的巴門尼德和他的學生德謨克利特）甚至是針鋒相對的。元素派主張物質是連續的，甚至是無限可分的；原子論主張原子是不可分的（atom）最小微粒，除了原子就是虛空。

然而歷史就這麼詭異，道爾頓（1766年9月6日－1844年7月27日）提出的原子論實際上是把二者結合起來，形成了我們今天元素和原子理論的基礎，促進了我們對於元素的研究和化學的發展。

那麼怎麼看哲學家們對原子的批判甚至否定呢？在這個問題上，哲學家們的觀點更多來自於物理學家。在19世紀，儘管化學家們逐漸接受了元素和原子理論（化學元素體現出來了物質配比關係），但物理學家們拒絕接受，因為在19世紀沒有找到“原子”存在的直接證據。哲學家們的評論實際上來自於物理學家們的概念。

那麼物理學家對原子的接受來自何方？一是湯姆森發現了電子，從而證實物質內部還有其他看不見的結構，從而也發現了原子，順便也解釋了元素化學性質的來源；二是愛因斯坦對布朗運動的計算，得出了原子大小的資料。這兩點發現令人們大吃一驚，也令人振奮，因為我們（從物理學上）終於證明了原子確實是存在，物理和化學在這一點上取得了統一。

其實原子（atom不可分割）這個概念本身也被證明從字面意義上來講，只有解釋為道爾頓所認為的，體現元素性質的最基礎（不可分的）微粒。而不是古希臘意義上說，不可分割的物質粒子。不過沒關係，對於任何一個概念，我們都應理解它是如何產生的，為什麼起這個名字，也就是說，名字本身反映了科學思想背景。每個人的語言都應作如是觀。

原子存與不存，我們的判定標準源自我們的共識，這個共識是自在的天然的，所以我們並沒有自我確信的理由，除非我們可以徹解自然和自身，否則不會有永恆的真理存在。

關於“原子”。

在倫納德·蒙洛迪諾的《思維簡史》裡，他的父親這樣說——

構成人類的原子是否同樣遵循那些宇宙中的原子的定律？

他希望是。

不管人類的條件有多糟糕，他和天上那些完美、浪漫的星星都有可能是由同樣的物質構成的，這種可能性讓他深感安慰。

所謂的“存在”，本質是機率密度。機率密度高，就“存在”，機率密度低，就“不存在”。但是，不管是“存在”還是“不存在”，都是機率。你不能說一個存在的東西“真實”存在，也不能說一個不存在的東西“真實”不存在。