區別：

1、控制測試的內容為內部控制，是定性評價；實質性程式的內容為賬戶金額，是定量評價。

2、控制測試的目的為評價內部控制有效性；實質性程式的目的是評價賬戶金額正確性，為發表審計意見提供依據。聯絡：控制測試與實質性程式的聯絡體現在：控制測試為實質性程式打基礎，控制測試的結果為確定實質性程式的性質、時間和範圍提供依據；實質性程式是在控制測試的基礎上進行的，實質性程式的程度取決於控制測試的結果。控制測試的考慮因素：註冊會計師在確定某項控制的測試範圍時通常考慮下列因素：1、在整個擬信賴的期間，被審計單位執行控制的頻率。控制執行的頻率越高，控制測試的範圍越大。2、在所審計期間，註冊會計師擬信賴控制執行有效性的時間長度。擬信賴控制執行有效性的時間長度不同。在該時間長度內發生的控制活動次數也不同。註冊會計師需要根據擬信賴控制的時間長度確定控制測試的範圍。擬信賴期間越長，控制測試的範圍越大。實質性程式的考慮因素：1、控制環境和其他相關的控制。控制環境和其他相關的控制越薄弱，註冊會計師越不宜在期中實施實質性程式。2、實施審計程式所需資訊在期中之後的可獲得性。如果實施實質性程式所需資訊在期中之後可能難以獲取（如系統變動導致某類交易記錄難以獲取），註冊會計師應考慮在期中實施實質性程式。

3、實質性程式的目標。如果針對某項認定實施實質性程式的目標就包括獲取該認定的期中審計證據（從而與期末比較），註冊會計師應在期中實施實質性程式。

區別：

1、測試的具體物件和目的不同。符合性測試的具體物件是各種內部控制制度，其目的是揭示內部控制的可靠性；實質性測試的物件是依靠這些制度產生的資料，其目的是評價這些資料的公允性。

2、測試的依據和時間不同。符合性測試主要以建立內部控制的原則為依據，實質性測試的依據是公認會計原則。

3、測試方法不同。符合性測試用屬性抽樣，實質性測試用變數抽樣。