柑橘潰瘍病是一種國際性的檢疫性有害生物，目前為止，對已經發生、特別是嚴重發生柑橘潰瘍病的果園，要達到完全控制和剷除這種病害，通常只能採取挖除病株進行銷燬的措施，對發病苗圃則只能將苗木全部銷燬。因此，柑橘潰瘍病的防治措施主要提倡預防為主、綜合防治，把檢疫措施放在首位。

首先，嚴格執行檢疫法規，嚴禁柑橘潰瘍病發生區的種苗、接穗外運；按照有關標準要求建立無病苗圃，保證種苗健康；生產過程中如發現病株，應立即向植物檢疫部門報告，並立即燒燬病株。第二，新開闢果園，不要混栽感病性不同的品種；冬季清園，要徹底剪除病枝病葉，予以集中燒燬；夏季合理施用肥水，控制夏、秋梢生長，特別要使秋梢抽發整齊，以利於預防潛葉蛾，可大大減輕潰瘍病的發生。第三，對無病苗圃及果園植株實施施藥保護。春梢3～5月，夏、秋8～9月，在抽梢盛期施第一次藥，間隔2～4周施第二次藥。以下藥劑可供交替選用：①47%春雷黴素·王銅（加瑞農）可溼性粉劑800～1000倍液噴霧；②20%噻菌銅（龍克菌）懸浮劑500～700倍液噴霧；③77%氫氧化銅（可殺得）可溼性粉劑500～800倍液噴霧；④52%代森鋅·王銅（克菌寶）可溼性粉劑500～600倍液噴霧；⑤30%氧氯化銅700倍液噴霧；⑥72%農用鏈黴素4000倍液噴霧。