二級主任科員晉升有兩種方式：

1、晉升副處級實職領導。二級主任科員是職級，不是領導職務。條件成熟時，可以直接轉任正科級領導職務。任二級主任科員三年以上，有機會也可以提拔為副處級領導。

2、晉升一級主任科員。任二級主任科員兩年以上，在單位有空缺職數的情況下，可以晉升為一級主任科員。

公務員的晉升形式主要分為兩種：職務晉升與職級晉升，且職務與職級可以兼任。

二級主任科員是職級的一種，相當於原先非領導職務的主任科員，對應正科級，其下一步的晉升有三個方向：

第一，晉升為副處領導職務。職級與職務之間是可以相互轉換的，所以職級也可以晉升領導職務。晉升副處領導職務的基本條件是有職位的空缺，且任正科級職務或職級滿三年以上即任正科級領導職務或一、二級主任科員合計年限三年以上。同時還要德才兼備，最重要的要領導賞識。晉升領導職務需要履行一定的程式，主要有：

1、民主推薦，確定考察物件；

2、組織考察，研究提出任職建議方案，並根據需要在一定範圍內進行醞釀；

4、按照規定履行任職手續。

第二，晉升為一級主任科員。晉升一級主任科員需要滿足任二級主任科員或正科領導職務兩年以上。因為一、二級主任科員合計計算比例，理論上來看，二級主任科員晉升一級主任科員不受比例限制，實際操作當中不是這樣。因為一級主任科員很多都是由擔任正科領導職務的人晉升的，這就要佔比例，反而二級主任科員沒有機會。正科領導職務的人晉升一級主任科員後一般仍然兼任正科領導職務。晉升職級也一樣有一定程式：

1、黨委（黨組）或者組織（人事）部門研究提出工作方案。

2、對符合晉升職級資格條件的人員進行民主推薦或者民主測評，提出初步人選。

3、考察瞭解並確定擬晉升職級人選。

4、對擬晉升職級人選進行公示，公示期不少於5個工作日。

5、審批。

第三，晉升正科領導職務。二級主任科員雖然也是正科職級， 但與正科領導職務還有一些差距，主要體現在領導許可權和工資上。整個領導職務是有相應的政治、工作、生活待遇的，而二級主任科員只有正科級的工資待遇。而且正科領導職務的工資也比二級主任科員的工資要高。同樣的，二級主任科員晉升正科領導職務，也一樣需要走領導職務任免程式。

二級主任科員要如何晉升，主要取決於單位是否有相應的崗位空缺，是否滿足晉升年限的要求，最最重要的還是單位領導層的決策。