六鞭毛蟲常常會寄生在觀賞魚的腸道內，有時在鰓部，肝臟等身體其他部位也有發現。蟲體僅12~16微米，在顯微鏡下觀察，可見魚兒腸道內含物中有許多活動的六鞭毛蟲在急速遊走。

該蟲在魚體體質強壯時並無明顯危害，但當魚兒體質較弱，該蟲反而會大量繁殖，該蟲與腸炎，腹水和頭洞病都有一定的關係。

因為該蟲大部分時間是寄生於病魚的腸道內，引發病魚腸炎，所以也被稱為觀賞魚內寄的一種。

對於觀賞魚的內寄處理上，目前最好用的藥物一個是美國大白片，另一個就是我們的甲硝唑和痢特靈了，我們只談國內藥的用藥方法啊。

一般的下藥方式是三百斤水加甲硝唑八至十片，痢特靈六片左右。可以同時加入，一定是直接扔缸裡，讓病魚吃上幾口藥更好，放心吧，藥不死的。然後如果病魚還有食慾，再用痢特靈拌餌料投餵。或者病狀一有減輕，病魚一有食慾，馬上用痢特靈拌餌投餵輔助治療。

第二天可換水三分之一，再下一半或三分之一藥量，第三天再換水三分之一，再下三分之一藥量，配合藥餌一定不能停，直至痊癒。如果沒有痢特靈可用氟哌酸代替，如果沒有甲硝唑可用土黴素代替。

治療六鞭毛蟲引起的腸炎是個慢活。需要在加藥，換水，投藥餌之間轉換進行，不得中途換藥，藥下重了，換水，藥下輕了，加量。這個就全憑個人手法和經驗了。