消化道除口腔、咽和食管上段及肛門外括約肌外，都受交感神經和副交感神經及內在神經的支配。交感神經節後纖維末梢釋放去甲腎上腺素，對消化道的運動和消化腺的分泌起抑制作用；大部分副交感神經節後纖維末梢釋放乙醯膽鹼。對消化道的運動和消化腺的分泌起興奮作用；內在神經包括：黏膜下神經叢，主要參與消化道腺體和內分泌細胞的分泌，肌間神經叢，主要參與對消化道運動的控制。

（一）內在神經（腸神經系統）

　　內在神經是指消化道壁內的壁內神經叢，包括肌間神經叢和粘膜下神經叢，有感覺、中間和運動神經元，彼此交織成網。內在神經叢釋放的遞質有ACh、NE、VIP、5-HT、N0、CCK、GABA等。粘膜下神經叢主要調節消化遭腺體和內分泌細胞的分泌，腸內物質的吸收及區域性血流的控制；肌間神經叢主要支配平滑肌細胞，參與對消化道運動的控制。

　　（二）外來神經

　　外來神經包括交感神經和副交感神經。

　　交感神經發自脊髓胸5至腰2段的側角，腹腔神經節和腸繫膜神經節換元后，發出腎上腺素能纖維。

　　副交感神經除少量支配口腔和咽之外，主要走行於迷走神經和盆神經中。其節前纖維主要與肌間神經叢和粘膜下神經叢形成突觸，發出的節後纖維主要為膽鹼能纖維，少量為非膽鹼能纖維、非腎上腺素能纖維。

　　交感神經與副交感神經都是混合神經，含有傳出神經和傳入神經。副交感神經興奮通常可使消化液分泌增加，消化道活動加強；交感神經則相反，但可引起消化道括約肌收縮。