從微生物學上細菌 是單細胞的，屬於原核生物，是最常見的病原微生物之一。各種細菌在一定的環境條件下都有固定的形態與結構。在正常情況下，寄居人體的正常細菌菌群不引起疾病，並有對人體有益的生理作用。如大腸桿菌產生的細菌素可抑制痢疾桿菌的生長；人腸道的大腸桿菌等能合成維生素B1、B2、B6、K等，供給人體的需要；還有免疫作用。病毒是一種體積微小，結構簡單，必須在活細胞中方能生長繁殖的微生物。在自然界中分佈廣泛，種類繁多。分為細菌病毒、植物病毒、動物病毒三大類，其中動物病毒可侵犯人及動物引起疾病。人類的傳染病約有70~~80%均為病毒所引起。 病毒性傳染病不僅流行廣泛，而且病毒對常用抗生素不敏感，故治療困難，對人類危害極大。真菌是一類不含葉綠素、不分根莖葉的真核細胞型微生物。在自然界分佈極為廣泛，種類十分繁多，絕大多數對人有益，如釀造工業和生產抗生素、維生素、酶製劑等。但少數真菌對人有致病性。如面板廯菌、白色念珠菌等。

細菌

單細胞原核生物，以無性繁殖二分裂的方式進行復制。細菌是單細胞有機體，體積大約只有幾微米。細菌沒有細胞核，分光合自養菌或者異養菌。既可能有害也可能有益，取決於細菌種類，有益的如腸道細菌和益生菌，有害細菌感染包括霍亂，肺結核，萊姆病，沙門氏菌，葡萄球菌感染，鏈球菌性喉炎，麻風，破傷風。

一般認為是非生命非細胞的病原體，依賴於宿主細胞來繁殖。病毒是一種移動遺傳物質，僅僅是由蛋白質包裹的核酸組成，比細菌的要小（0.1到0.3微米），一般只能用電子顯微鏡才能看到，關於病毒是否為生命體還是一個有爭議的問題。大多數病毒為有害的，可以感染植物、動物（包括原生生物）、真菌、細菌和藍綠藻，人類病毒性感染疾病包括流感、艾滋病、肝炎、麻疹、皰疹、帶狀皰疹、水痘、小兒麻痺症、天花、埃博拉。

真核生物，擁有複雜的細胞器，進行有性繁殖或無性繁殖，真菌既可以是單細胞，也可以是複雜的多細胞生物。真菌包括蘑菇、酵母和黴菌。大多數真菌都是腐生菌，在生物鏈中為分解者。還有些是寄生或者共生，同樣分為有益真菌和有害真菌，有害真菌疾病包括一些過敏，足癬等。

病毒其實最好區分，關於真菌與細菌的一些區別可歸為如下圖