神奇寶貝病毒（日文︰ポケルス，英文︰Pokérus）是一種特別的狀態，第二世代引入。

與異常狀態不同，神奇寶貝病毒無法被神奇寶貝中心或任何道具治癒，每隻神奇寶貝只能感染至多一次。當神奇寶貝感染了神奇寶貝病毒時，它在對戰結束後獲得的基礎得點翻倍，包括透過道具加成得到的額外基礎得點也會翻倍，但使用營養藥劑或羽毛的基礎得點不翻倍。神奇寶貝病毒在幾天後就會消失，但把神奇寶貝放入電腦中會打斷這個計時。

神奇寶貝病毒有3⁄65536的機會出現在一隻野生神奇寶貝或神奇寶貝蛋孵化的神奇寶貝身上。無論是擊倒或收服這隻野生神奇寶貝，主角的隊伍裡都會得到神奇寶貝病毒。因為它的機率非常低（大約是遇見不同顏色機率的1⁄3），並且有許多玩家遇見野生的攜帶病毒的神奇寶貝時因為無法得知它攜帶了病毒而選擇了逃跑，要獲得病毒是一件非常難的事情。

在近代，神奇寶貝病毒的傳播變得廣泛，透過全球終端或神奇寶貝全球連線可以在全世界交換神奇寶貝，所以攜帶神奇寶貝病毒的神奇寶貝可以透過這個途徑快速傳播。

主角首次遇到病毒時，神奇寶貝中心的護士會做一點解釋，告訴主角神奇寶貝病毒是神奇寶貝身上的“微生物”。離開神奇寶貝中心後，空木博士會打電話告知主角神奇寶貝病毒沒有壞處並會逐漸消退。如果將神奇寶貝傳入第一世代的遊戲，神奇寶貝病毒會連同免疫狀態一起徹底消失。

感染感染了神奇寶貝病毒的神奇寶貝在狀態列中檢視時，異常狀態的部分會有“神奇寶貝病毒”的標誌（在第三世代或第四世代的圖示不同，第五世代的圖示則和第四世代不同，第二世代沒有圖示）。如果有其它的異常狀態被加在這隻神奇寶貝身上，神奇寶貝病毒的標誌就會被覆蓋掉。如果神奇寶貝攜帶了病毒，它就可以把病毒傳播給隊伍中的其它神奇寶貝。在一場對戰結束後，隊伍裡與攜帶了病毒的神奇寶貝前後相鄰的神奇寶貝有1⁄3的機率[待確認]被感染上病毒。從第三世代開始，神奇寶貝蛋也可以被感染病毒。

免疫當擁有神奇寶貝病毒的神奇寶貝滿足了病毒消失的條件時，就會進入病毒免疫的狀態。在這個狀態下的神奇寶貝不能把病毒傳播給其它神奇寶貝，也無法被病毒傳播。在第二到第三世代，狀態列上會有一個點代表免疫。在第四到第五世代則是一個小的笑臉圖示。在免疫狀態下與感染狀態下的基礎得點翻倍效果相同，不會因為免疫而消失。

第三世代神奇寶貝病毒只能在寶石版中出現並傳播。第三世代的其它遊戲沒有時間系統，當擁有神奇寶貝病毒的神奇寶貝被傳入這些遊戲時，病毒不會消失但也不能傳染。