在印尼的華人卻有約2000多萬，是海外華人最多的國家。印尼華人大多來自中國的南方省份，如福建、海南、廣東；客家人最多，約為800萬。

早在16世紀末，荷蘭人就開始向印尼滲透。 1602年，荷蘭組建了臭名昭著的的東印度公司，華人移民印尼大潮最早發生在荷蘭殖民的早中期，開始大多是尋找商機的海洋貿易商販。起初荷蘭人由於華人的聰明，勤奮，有能力管理大農場，能為荷蘭人帶來財富而教受善待。荷蘭人在印尼建立了一個社會等級制度，歐洲人位於社會的最高等級、華人和阿拉伯裔是第二等級，土著是社會第三等級。

荷蘭人制定的民族分化政策，使得華人很難與當地原住民融合。但在18世紀早期，華人的境況發生了變化。雅加達建設期間 ，大量的華工來到雅加達充當勞工，雅加達城建成之後，並留在附近耕作（華人是最好的農民，深愛著土地），造成華人數量大增，1740年的時候，華人人口占了荷蘭東印度公司統治地區一半。而且當時中國是東亞的貿易甚至世界的貿易中心之一，東印度公司因同清朝貿易獲得了大量的利潤，而雅加達華商自然而然在印尼同中國的貿易中佔據優勢，因此中國商人的數量也不斷增加，荷蘭東印度公司對華人的依賴越來越大。雅加達建成之後，華人在經濟上開始占主導地位。華人人數日益增長，經濟力量日益強大，成為了荷蘭人的對手，為了維護自己的統治，1690年殖民當局嚴令禁止再從中國引入勞動力，但當地僱主透過向官員行賄的方式繼續引入。1740年10月9日(清乾隆5年）荷蘭人對華人進行了三天大屠殺，華人約有5000-10000人被殺害。而且殖民當局還在雅加達指定華人的居住區域。雖然遭到歧視和壓迫，但是此後還是有大量華人來到印尼群島。

華人繼續在印尼的政治和經濟活動中具有重要地位。比如印尼獨立運動期間，許多印尼華人支援印尼獨立運動。起草1945年印尼憲法的BPUPKI成員有六個是印尼華人。1945年8月17日印尼獨立。但獨立後的印尼政府對印尼華人採取了限制政策。印尼華人在除了經濟和產業外的其他方面全部被禁止，這也使得華人更加專注於這些方面，並且取得巨大的成就。1998年，瓦希德當選總統後，為了緩和民族關係，他很快廢除了一些歧視性的法律。比如在1998年頒佈總統令重新允許教授中文。印尼華人重新開始進入政治舞臺。

從17世紀早期開始至今，華人在印尼已經生活了四百多年，對這塊土地做出了巨大的貢獻，也曾經被屠殺，被歧視和壓制但印尼華人，歷經艱難困苦，但依然做出了巨大的成績，如今印尼華人是印尼最成功的商人群體，擁有大量的財富，估計是印尼私有財富的一半到3/4。