大型航母艦隊的配置，各個國家都不一樣，這與一個國家的綜合國力，軍事水平等有密切關係。如美國，一個航母編隊一般配置2艘巡洋艦、2艘驅逐艦、1艘核動力潛艇和1至2艘大型補給艦就可以了，有時根據需要會增加數量，或加護衛艦等。在中國，由於軍事水平有限，起步遲，發展慢，國力有限，一個航母編隊，一般情況下，配置2艘052C中華神盾驅逐艦、4搜054A護衛艦（中國沒有巡洋艦）、兩艘核動力潛艇或3艘元級柴電潛艇和兩艘大型補給艦。在法國，英國等歐洲國家，一個航母編隊一般配置2艘巡洋艦、2艘驅逐艦或護衛艦、1艘到2艘核動力潛艇或常規動力潛艇，1至2艘大型補給艦，以上是流行配置，有時根據需要會增加數量，或增加各個國家自行研製的新型艦艇。

旗艦，亦稱指揮艦，是海軍艦隊、海上艦艇編隊的指揮所，或是艦隊、編隊指揮員所在的艦。

旗艦是一個統稱，任何實際起到指揮作用的艦艇都可以稱做旗艦。但一般而言，一個艦隊中只有一條主要旗艦（即艦隊指揮官長期乘坐的艦艇），同時也會指定某些艦艇為預備旗艦，以應對一些特殊情況。同時對於大艦隊而言，可能下轄幾個分艦隊，因而除了總旗艦外，每個分艦隊也都有對應的旗艦進行指揮。

旗艦（指揮艦）有兩種設定方法：一種是常年固定一艘艦艇為旗艦。如美國海軍幾個艦隊的旗艦基本上是固定的，第二艦隊的旗艦是“惠特尼山”號（LCC-20）兩棲指揮艦；第三艦隊的旗艦是“科羅納多”號（AGF-11）運輸艦；第六艦隊的旗艦是“貝爾內普”號（CG-26）導彈巡洋艦；第七艦隊的旗艦是“藍嶺”號（LCC-19）兩棲指揮艦；中東部隊的旗艦是“拉薩爾”號（AGF-3）運輸艦。

另一種方法是根據當時情況，臨時指定艦隻擔任旗艦。旗艦（指揮艦）顧名思義要承擔海上作戰的組織指揮任務，有較高的要求，不是什麼艦船都可擔任的。旗艦是根據艦隊、編隊在海上作戰指揮任務的要求，進行專門設計建造的。一般來講，旗艦由於要擔任較複雜的海上作戰指揮任務，所以該艦要比其他艦船有著更加完備的觀察通訊器材。如果不是專門設計建造的艦船，要擔任旗艦，就必須進行一些必要的改裝，使其適應指揮的要求。

旗艦並不是一成不變的。通常來說，指揮官都會選擇艦隊中最優秀的艦艇作為自己的座艦。但是也有例外，比如原旗艦因故維修，或者戰鬥中原旗艦受創過重不能再但當原有職責，這是艦隊指揮官一般會按計劃或就進選擇艦艇作為旗艦——登艦並升起自己的旗幟，保證戰鬥繼續順利進行。如果指揮官因故不能指揮，則按照原定計劃順次由相關軍官升旗指揮。

因為要擔當指揮編隊戰鬥的任務,所以旗艦一般都有著完善的通訊系統,作戰指揮系統.

補給艦特殊情況下當然可以,只要它起到了指揮艦隊的作用