從分子結構上看一個為鹽酸根另一個為硫酸根；從臨床上鹽酸氨基葡萄糖中的氯離子對胃腸道有刺激作用，為了減少這種刺激服用時要求飯後服用而硫酸氨基葡萄糖沒有這種情況；從長期服用安全性的角度上長期服用含大量氯離子的鹽酸氨基葡萄糖不但對胃腸不利而且對肝腎容易造成損害，硫酸氨基葡萄糖中的硫酸根離子是人體內蛋白合成的參與者故無副作用。都是屬於氨基葡萄糖，也叫氨糖，是形成軟骨細胞的重要營養素，是健康關節軟骨的天然組織成份。可以幫助修復和維護軟骨，並能刺激軟骨細胞的生長。雖然鹽酸氨基葡萄糖和硫酸氨基葡萄糖都是屬於氨基葡萄糖，但這兩種劑型相異甚大，效果也相差甚遠。葡萄糖胺鹽酸鹽是比較容易消化的劑型，相較與葡萄糖胺硫酸鹽，葡萄糖胺鹽酸鹽比較穩定而且純度較高。實驗室的分析顯示市售的葡萄糖胺硫酸鹽產品含有穩定硫酸鹽的氟化鈉 (氟化鉀 )，其含量高達26%，而葡萄糖胺含量不到74%；相較之下，葡萄糖胺鹽酸鹽的純度則超過99%，而且極度穩定。平均來說，葡萄糖胺鹽酸鹽的效能是葡萄糖胺硫酸鹽的1.7倍。862.73mg鹽酸葡萄糖胺=1500mg硫酸葡萄糖胺，一般製成藥品的也選用鹽酸葡萄糖效果更快一些。

這二者都是氨基葡萄糖的存在形式，主要的區別在於氨糖(氨基葡萄糖)的純度不同。相比較而言，硫酸氨基葡萄糖的純度要稍低於鹽酸氨基葡萄糖，患者可根據自身情況選擇恰當的治療藥物。

1、性質不同：鹽酸氨基葡萄糖是透過刺激粘多糖的生化合成及增加量骨骼鈣質的攝取，提高骨與軟骨組織的代謝功能與營養。硫酸氨基葡萄糖為天然的氨基單糖，是人體關節軟骨基質中合成蛋白聚糖所必需的重要成分。

2、特點不同：硫酸氨基葡萄糖可刺激軟骨細胞產生具有正常多聚體結構的糖蛋白，抑制某些可損害關節軟骨的酶（如膠原酶和磷脂酶A2），抑制損傷細胞的超氧化物自由基的產生。鹽酸氨基葡萄糖改善及增強滑膜液的粘稠度，增加滑膜液合成，提供關節潤滑功能。

3、分子式不同：鹽酸氨基葡萄糖分子式為C6H13N05· HCl。硫酸氨基葡萄糖分子式為C6H13NO5.H2SO4 。

擴充套件資料：

注意事項：

1、要是使用者有著一些腸胃上的疾病，那麼建議在飯後才服用，因為這樣可以很好地保護使用者的腸胃，而要是使用者沒有腸胃上的疾病，那麼建議在飯前服用。

2、其次的就是一些使用者的肝腎功能要是不健全，那麼是禁止服用的。

3、對於孕婦或者處於哺乳期的婦女是要指導之下才可以服用。

4、要是使用者的體質比較特殊的，也就是有著一定的過敏的，那麼也是不可以服用的，要是想要服用，那麼就必須是要在囑咐之下才可以服用。