我曾經寫過一個回答，也是關於明代檔案的。https://www.wukong.com/question/6470352620564250894/、

清朝入關當然是一個原因，順治、康熙時期以編修《明史》為名對明代史料的集中處理及銷燬對明朝檔案的損毀當然是難以估計的。

其他回答中所說的蟲蛀、腐壞、火宅當然也有一定影響。還值得注意的是，明朝政府和相關部分的責任也不可忽視，明朝的紙張製作質量很有問題，以明代的《黃冊》來作為例子，明代洪武時期的紙張普遍質量很好，而之後的紙張普遍存在偷工減料和管理不善的問題，從現存的一些黃冊的資料來看，洪武時期紙張的質地顯然要好過之後的時期。質量不好的紙張即使清朝不損毀，也很難做到完整地儲存五、六百年。

除此之外，還有八國聯軍入侵時的焚燬。明清鼎革，明朝檔案自然是集中在北京尤其是紫禁城的多，經過戰火，僅從資料的儲存以及損失程度而言，明朝的檔案自然要比清朝的檔案損失嚴重。當然，清朝治下，地方還存有相當數量的清朝文獻，這也是清朝檔案普遍多的一個原因。

後來又經歷了“八千麻袋”事件，要清理內閣大庫的檔案，自然也就以那種時間久遠、儲存不好的優先，顯而易見，明代檔案要更“沒有價值”。

以轉賣到各個地方的檔案而言，道理也是同樣的，當然處理也是先處理那些看起來更陳舊的紙張。

抗戰期間，檔案的到處流轉也是檔案損失的一個原因。

以下是中國第一歷史檔案館對於《中國明朝檔案總彙》的編輯說明：

首先，在古代，文獻的儲存手段非常落後。文獻腐爛、蟲駐的現象非常嚴重。其次，古代的房子是木結構的，非常容易著火。而且古代的防火措施非常欠缺。歷史上因火災毀掉的文獻非常多。再次，在明末清初，整個中國處於戰亂狀態。而李闖撤離北京的時候，曾經對北京進行過一次大規模的破壞。明朝檔案在那個時候被毀掉很多。