表觀遺傳變異為在基因的DNA序列沒有發生改變的情況下，基因功能發生了可遺傳的變化，並最終導致了表型的變化，稱為表觀遺傳變異。

表觀遺傳變異的分子機制有以下幾點：

1、DNA甲基化；

2、 RNA干擾；

3、組蛋白修飾與染色質重塑；具體內容如下：

1.DNA 甲基化與去甲基化：

DNA的甲基化是生物關閉基因表達的一種有效手段，也是印記遺傳的主要機制之一；基因的去甲基化可能使得印記丟失，基因過度表達，甚至引起腫瘤或癌症的發生，如促腫瘤生長因子IGF2基因過度表達引發大腸癌。 DNA 甲基化與去甲基化是表觀遺傳的重要機制之一。

2.RNA干擾 (RNA interference，RNAi)

是正常生物體內抑制特定基因表達的一種現象，是指當細胞中匯入（或內源產生）與某個特定mRNA編碼區同源的雙鏈RNA(dsRNA)時，該mRNA發生降解或者翻譯阻滯而導致基因表達沉默的現象。這種現象發生在轉錄後水平，又稱為轉錄後基因沉默。是表觀遺傳的重要機制之一。

3.組蛋白修飾與染色質重塑

組蛋白（H1,H2A,H2B,H3,H4 ）可發生甲基化、乙醯化等修飾，修飾的組蛋白改變了與DNA雙鏈的親和性，從而改變染色質的疏鬆或凝集狀態，或透過影響轉錄因子與啟動子的親和性來發揮對基因的調控作用。

核小體的核心組蛋白可以發生許多翻譯後修飾, 包括甲基化、 乙醯化、磷酸化、泛素化及ADP 核糖基化。這些修飾透過影響組蛋白與DNA、組蛋白與組蛋白之間的相互作用而改變染色質的結構。

組蛋白的單一修飾往往不能獨立地發揮作用, 幾種不同修飾（不同型別的修飾、不同位點的修飾）的聯合存在往往作為一種標誌或語言, 被一系列特定的蛋白所識別, 從而改變染色質狀態以實現對特定基因表達的調節。因此這些聯合修飾也被稱為組蛋白密碼。