由於3缸發動機比四缸發動機少了一個行程，所以在工作中容易出現抖動，發動機聲音也會更大一些，雖然採用的平衡軸技術解決了振動強度過大的問題，但其還要比4缸、6缸等發動機的振動水平高。

另外，三缸發動機為了達成接近四缸發動機的動力輸出連貫性，不得不匹配一個更大質量的飛輪，這樣引擎的運轉慣性就更大，轉速變得遲鈍，最直接的感覺就是油門響應不積極。

雖然三缸發動機已經在不同程度上得到了改進，但還沒有達到克服上述弱點的地步，在銷量上也不突出。即使是擁有更好的低轉速扭矩、更少的機械摩擦、更小的體積和質量等優點，但天生抖動吵鬧、動力輸出不平順、油門響應不積極等缺點，在很大程度上掩蓋了優點，使得消費者在購車時還是首選四缸機車型。

三缸發動機，由於一個缸輸出完動力，另一個缸跟不上，有動力輸出的空缺，所以動力輸出會有不平穩的感覺，這種劣勢只能儘可能透過技術來彌補，很難完全消除。而四缸發動機因為有4個汽缸，1號在上止點位置時2號必須處於下止點，利用相反的作用力，就可以抵消掉往復運動所帶來的振動。

對三缸發動機的噪音，現在基本採取加強駕駛室的密封性來隔絕噪音，在裡面聽不見，但在外面聽就聽見了。三缸發動機油門響應不積極，是因為為了達成接近四缸發動機的動力輸出連貫性，三缸發動機就必須匹配一個更大質量的飛輪，這樣引擎的運轉慣性就會更大，因而轉速變得遲鈍，最直接的感覺就是油門響應不積極。由於目前三缸發動機多為中小排量渦輪增壓發動機，中後段加速動力不夠，動力輸出不夠線性等。

三缸發動機的誕生已有一段時間，但各種抖動、噪聲等情況應接不暇，這使它在技術成熟的四缸發動機面前，競爭力顯得底氣不足。