首先，假設“其它應付款-股東”科目餘額為貸方餘額，“應付賬款”科目餘額為貸方餘額。
一、“其它應付款-股東”
1、股東為法人
投資方有增值稅風險，拆借資金有可能視同銷售。因為是投資方與被投資方的關係，所以還涉及企業所得稅的特別納稅調整。另外，還要參考投資方和被投資方的稅務（不是會計）盈虧情況，以及雙方適用的所得稅稅率。
2、自然人股東
貸方餘額特別大的情況下，說明自然人股東拆解了很大一筆個人資金給被投資企業，要結合最近幾年自然人股東的分紅情況，追查資金的來源。有可能是企業部分收入不入賬，存在賬外收入，賬外收入落入股東口袋。收入的流失導致賬面流動資金越來越匱乏，於是老闆不得不把賬外收入以個人名義借給企業，補充流動資金。
如果上述疑點成立，那麼賬外收入涉及增值稅及附加稅費、企業所得稅，如果印花稅為核定徵收，涉及購銷合同印花稅。賬外收入進入老闆口袋，涉及個人所得稅。
補充一個疑點：
有可能是股東分紅。但僅僅是賬面分紅，分紅後掛賬，未實際支付給股東。按理說，未取得所得是不應該發生納稅義務的，但是，這種情況屬於特例，我記得國家稅務總局特地出了個檔案，大意是分紅後未實際支付，但是賬面已歸到個人名下的，視同已分紅，應代扣代繳股息紅利個人所得稅。文號不記得了，大家有興趣可以查一下。
這個疑點，看明細賬和會計分錄很容易就能看出來。
二、“應付賬款”
“應付賬款”科目貸方餘額很大，比較常見。因為現在企業之間拖欠貨款比較嚴重。但是也要考慮如下因素：
1、有可能部分供應商的貨款由於供應商破產倒閉等原因已經無需支付，但企業未作營業外收入。所以要關注最近幾年借貸方均無發生額的供應商並加以核實。
2、存在收受虛開的發票的可能。
3、如果存在“估價入賬”或“暫估入賬”的二級科目，稽核估價入賬金額的真實性及合理性。因為可以藉此科目調節原材料單位成本，進而調節成本，有可能多轉成本。
以上僅根據餘額作出判斷，更精確一點的判斷需要具體明細賬和憑證及相關資料。就像問一個人怎麼死的，可能是淹死，可能是吊死，也可能是躲貓貓死。具體還需要結合更多相關資訊作出下一步判斷。比如肺裡是否有積水，脖子上是否有勒痕，（躲貓貓死有什麼特徵不清楚）。
這些只是稅務檢查皮毛的皮毛，真正檢查的重頭戲不在這裡。
個人觀點，謹供參考。
首先，假設“其它應付款-股東”科目餘額為貸方餘額，“應付賬款”科目餘額為貸方餘額。
一、“其它應付款-股東”
1、股東為法人
投資方有增值稅風險，拆借資金有可能視同銷售。因為是投資方與被投資方的關係，所以還涉及企業所得稅的特別納稅調整。另外，還要參考投資方和被投資方的稅務（不是會計）盈虧情況，以及雙方適用的所得稅稅率。
2、自然人股東
貸方餘額特別大的情況下，說明自然人股東拆解了很大一筆個人資金給被投資企業，要結合最近幾年自然人股東的分紅情況，追查資金的來源。有可能是企業部分收入不入賬，存在賬外收入，賬外收入落入股東口袋。收入的流失導致賬面流動資金越來越匱乏，於是老闆不得不把賬外收入以個人名義借給企業，補充流動資金。
如果上述疑點成立，那麼賬外收入涉及增值稅及附加稅費、企業所得稅，如果印花稅為核定徵收，涉及購銷合同印花稅。賬外收入進入老闆口袋，涉及個人所得稅。
補充一個疑點：
有可能是股東分紅。但僅僅是賬面分紅，分紅後掛賬，未實際支付給股東。按理說，未取得所得是不應該發生納稅義務的，但是，這種情況屬於特例，我記得國家稅務總局特地出了個檔案，大意是分紅後未實際支付，但是賬面已歸到個人名下的，視同已分紅，應代扣代繳股息紅利個人所得稅。文號不記得了，大家有興趣可以查一下。
這個疑點，看明細賬和會計分錄很容易就能看出來。
二、“應付賬款”
“應付賬款”科目貸方餘額很大，比較常見。因為現在企業之間拖欠貨款比較嚴重。但是也要考慮如下因素：
1、有可能部分供應商的貨款由於供應商破產倒閉等原因已經無需支付，但企業未作營業外收入。所以要關注最近幾年借貸方均無發生額的供應商並加以核實。
2、存在收受虛開的發票的可能。
3、如果存在“估價入賬”或“暫估入賬”的二級科目，稽核估價入賬金額的真實性及合理性。因為可以藉此科目調節原材料單位成本，進而調節成本，有可能多轉成本。
以上僅根據餘額作出判斷，更精確一點的判斷需要具體明細賬和憑證及相關資料。就像問一個人怎麼死的，可能是淹死，可能是吊死，也可能是躲貓貓死。具體還需要結合更多相關資訊作出下一步判斷。比如肺裡是否有積水，脖子上是否有勒痕，（躲貓貓死有什麼特徵不清楚）。
這些只是稅務檢查皮毛的皮毛，真正檢查的重頭戲不在這裡。
個人觀點，謹供參考。