明朝建立以後，最初定都在南京。明太祖朱元璋在洪武年間，將元朝的“行中書省”改為“承宣布政使司”，並將“中書省”直接管轄的州府，直隸於六部管理。這樣，全國除了京師南京以外，分為北平、山東、浙江、江西、福建、廣東、廣西、湖廣、四川、陝西、河南、山西、雲南等十二個布政使司。

到了永樂年間，明成祖朱棣遷都北平，改名北京，將北京作為京師，將原來的北平布政使司撤銷，所屬州府直隸於北京六部，南京作為留都。這樣明朝就有了南北兩京，分別設有六部等政府系統，分別統轄州府，稱為南直隸和北直隸。

同時，在明成祖朱棣永樂年間，明朝政府還設立了交趾布政使司、貴州布政使司，但後來交趾布政使司被撤銷。最終形成了北京（北直隸）、南京（南直隸）兩京，以及山東、浙江、江西、福建、廣東、廣西、湖廣、四川、陝西、河南、山西、雲南、貴州十三布政使司的行政區劃格局。

值得一提的是，明朝的兩京十三布政使司行政區劃，是在元朝行省劃分的基礎上劃分的，是對元朝行省的劃分繼承和發揚，例如北京（北直隸）和山東、山西兩個布政使司，是在元朝中書省的範圍基礎上劃分的，陝西布政使司管轄的範圍是元朝的陝西、甘肅兩行省區域。因此，雖然明朝將行省的名稱取消了，但是人們還是習慣稱布政使司管轄的區域為行省，簡稱為省，這個叫法一直延續到現在。

以上！

這是明朝的行政區劃。“兩京”就是南京與北京，而“十三布政使司”就是明朝的十三個省。曾經明朝有第十四個“布政使司”——交趾承宣布政使司，明宣宗放棄越南以後，最終確立了“十三布政使司”。除越南以外，明朝還曾經在中南半島設立“三宣六尉”，在蘇門答臘島設立巨港宣慰司等。

明朝剛開始承襲了元朝的行省制度，洪武九年將行省更改為“承宣布政使司”，下設府與直隸州。後來又分設“都指揮使司”、“承宣布政使司”與“提刑按察使司”，分管各省的軍政司法。後來逐漸被巡撫制度代替。明朝曾經在全國設立了十五個省級行政區，分別是北直隸、南直隸、陝西、山西、浙江、山東、河南、江西、湖廣、四川、廣東、廣西、貴州與雲南。眾所周知，最開始明太祖定都南京應天府，以今天的安徽省、江蘇省與上海市為“南直隸”。明成祖“靖難之變”奪位後，雖然遷都北京，但是仍舊尊南京為“留都”，保留著一整套的完整行政系統，這也就是明朝的“兩京”。

除此以外，明朝還有16個都司、5個行都司與兩個留守司，16個都司除了有13個與布政使司同名，還有三個是萬全、大寧與遼東都司。在安徽鳳陽的中都留守司與湖北鍾祥的興都留守司。東北還有奴兒干都司，青藏有烏斯藏都司與朵甘都司。

但是隨著明朝衰亡，奴兒干都司、朵甘都司、烏斯藏都司等都名存實亡。兩京十三司卻基本完整保留了下來，形成了後來所謂的內地諸省。清朝時代，南直隸被拆分成江蘇與安徽、湖廣被拆分成湖南與湖北等。