長期儲存菌種的方法:

1.傳代培養保藏法

又有斜面培養、穿刺培養、皰肉培養基培養等（後者作保藏厭氧細菌用），培養後於4-6℃冰箱內儲存。

2.液體石蠟覆蓋保藏法

是傳代培養的變相方法，能夠適當延長保藏時間，它是在斜面培養物和穿刺培養物上面覆蓋滅菌的液體石蠟，一方面可防止因培養基水分蒸發而引起菌種死亡，另一方面可阻止氧氣進入，以減弱代謝作用。

3.載體保藏法

是將微生物吸附在適當的載體，如土壤、沙子、矽膠、濾紙上，而後進行乾燥的保藏法，例如沙土保藏法和濾紙保藏法應用相當廣泛。

4.寄主保藏法

用於目前尚不能在人工培養基上生長的微生物，如病毒、立克次氏體、螺旋體等，它們必須在生活的動物、昆蟲、雞胚內感染並傳代，此法相當於一般微生物的傳代培養保藏法。病毒等微生物亦可用其他方法如液氮保藏法與冷凍乾燥保藏法進行保藏。

5.冷凍保藏法

可分低溫冰箱（-20-30℃，-50-80℃）、乾冰酒精快速凍結（約-70℃）和液氮（-196℃）等保藏法。

6.冷凍乾燥保藏法

先使微生物在極低溫度（-70℃左右）下快速冷凍，然後在減壓下利用昇華現象除去水分（真空乾燥）。

液體石蠟儲存法

液體石蠟儲存法就是在斜面菌種或穿刺菌種表面覆蓋一層液體石蠟，從而隔絕空氣，減少菌種及培養物水分揮發，保藏溫度要求在4℃下即可。

將培養好的菌種斜面，緩慢倒入無菌的液體石蠟，使石蠟高出斜面頂端1釐米，直立放置，低溫儲存就可以，黴菌、放線菌、芽孢細菌可保藏2年以上不死，酵母菌可保藏1-2年。

沙土儲存法

沙土保藏法是將菌種吸附在適當的載體上，而後進行乾燥的保藏。將培養好的菌種接入沙土管內，用真空泵抽氣至幹。細菌、酵母菌、絲狀真菌均可用此法保藏，前兩者可保藏2年左右，有些絲狀真菌甚至可保藏14-17年之久。

甘油管儲存法

甘油管儲存是利用微生物在甘油中生長和代謝受到抑制的原理達到保藏目的。配置30%濃度的無菌甘油，將培養好的菌種與甘油充分混合均勻，放入-20℃儲存。

冷凍乾燥保藏法

冷凍乾燥儲存法就是將菌種與保護劑混合均勻後，快速冷凍，然後在減壓下利用昇華現象除去水分，兼具低溫、乾燥、除氧三方。乾燥後的菌種在真空環境下可長期儲存。