1、學位不一樣

藥學是醫學學位或者理學學位，大部分學校的藥學是醫學學位。製藥是工科學位或者理學學位。各學校略有不同。

2、偏重方向不一樣。

製藥是將學術應用於工業的化學合成，工藝，分析。藥學是偏重醫類藥理藥物分析藥物合成。

3、就業不一樣

藥學畢業你可以選擇去做化工合成，藥物研發，藥品分析，醫院藥理。

製藥畢業你可以去企業研究合成工藝，藥品分析，研發之類的工作，進醫院沒指望。

如果你報了藥學，你應該和醫學院的關係比較密切。如果報了製藥工程就和化學學院關係比較密切。

   藥學專業培養具備藥學學科基本理論、基本知識和實驗技能，能在藥品生產、檢驗、流通、使用和研究與開發領域從事鑑定、藥物設計、一般藥物製劑及臨床合理用藥等方面工作的高階科學技術人才。藥學專業學生主要學習藥學各主要分支學科的基本理論和基本知識，受到藥學實驗方法和技能的基本訓練，具有藥物製備、質量控制評價及指導合理用藥的基本能力。  

製藥工程是一個化學、藥學（中藥學）和工程學交叉的工科類專業，以培養從事藥品製造，新工藝、新裝置、新品種的開發、放大和設計人才為目標。

中藥學是研究中藥的基本理論和臨床應用的學科，是中醫藥各專業的基礎學科之一。內容包括中藥、中藥學的概念，中藥的起源和發展；中藥的產地與採集，藥材的概念，以及在保證藥效的前提下，如何發展道地藥材；中藥炮製的概念、目的與方法；中藥藥性的概念、中藥治病的機理，中藥配伍的目的、原則及藥物“七情”的概念、中藥配合應用規律；用藥禁忌的概念及主要內容；用藥劑量與用法，劑量與療效的關係，確定劑量的依據及中藥煎服法等內容。  

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藥學與製藥工程區別

藥學專業屬於化學類專業。藥學屬於理學範疇，主要培養與藥打交道的人。他們活躍在社會的各個崗位，包括科研院校、政府機關、企業車間、醫院藥房等。大家都在用不同的方式和藥打著交道：藥品研發人員針對疾病找到合適的藥物加以研製；藥品生產人員將療效成熟的藥物大規模生產，投入社會；藥品檢驗人員嚴格控制藥物的質量水平，確保藥物安全有效；藥品營銷人員以及醫院藥房人員架起醫藥企業和醫院、病人之間的橋樑。

很多人會混淆藥學和製藥工程這兩個專業。製藥工程的重點在於工程，是把藥學知識和工程學原理有機結合起來，製造生產出合格的藥品。而藥學注重藥品本身的基礎研究，研究一般藥品的藥理藥效，研製新型藥品。二者還是存在明顯差別的。