1、真菌通常又分為三類，即”酵母菌“、“黴菌”和“蕈菌”（大型真菌）。

2、酵母菌：是一些單細胞真菌，並非系統演化分類的單元。一種肉眼看不見的微小單細胞微生物，能將糖發酵成酒精和二氧化碳，分佈於整個自然界，是一種典型的兼性厭氧微生物，在有氧和無氧條件下都能夠存活，是一種天然發酵劑。

3、黴菌：是絲狀真菌的俗稱，意即"發黴的真菌"，它們往往能形成分枝繁茂的菌絲體，但又不象蘑菇那樣產生大型的子實體。在潮溼溫暖的地方，很多物品上長出一些肉眼可見的絨毛狀、絮狀或蛛網狀的菌落，那就是黴菌。

4、蕈菌：英語中的mushroom是一個多義詞，作為生物名稱通常譯作蘑菇，是指擔子菌中的那些傘菌，特別是雙孢菇中的白蘑菇。mushroom還有一個更廣義的解釋，指能形成大型肉質子實體的真菌，與macrofungi 同義，這一語義按照國際知名學者張樹庭的建議譯作蕈菌。

真菌在過去曾稱為黴菌，是微生物中的一個大類，是一群數目龐大的細胞生物，估計全世界已有記載的真菌有10萬種以上。它們的個頭差別很大，小者用顯微鏡才能見到，大者可達數十釐米，如茯苓、蘑菇等。

長期以來，真菌和細菌都被歸入植物界，視為最低等植物。隨著生物學，尤其是微生物學的進展，重新認識了真菌在生物界的地位。

真菌與植物不同，它們的細胞雖有細胞壁，但無葉綠素，無根、莖、葉構造，不能進行光合作用，因此，不能利用二氧化碳來製造食物，它們的營養方式，只能靠腐生取得碳源，憑寄生獲得能源和其他營養物質；細胞貯藏的養料是肝糖而非澱粉，這與綠色植物有著顯著的差別。除少數菌類為單細胞外，其他都有分枝或不分枝的菌絲體，能進行有性和無性繁殖。

病原性真菌是真菌病的病因，其中包括淺表皮膚真菌病，俗稱面板癬病。

說到真菌，很容易想到細菌，因為它們都能引起疾病。其實真菌與細菌有本質上的不同，這種差別顯示了歷程：顯微鏡下可見細菌形態單一，呈球狀或棒狀；真菌形態比細菌複雜，有菌絲、芽胞等結構。真菌與細菌還有一個明顯的區別，除極少數真菌外，真菌引起的疾病，用治療細菌、放線菌和病毒有效的藥物治療，沒有任何效果，只能用專門治療真菌病的，才能收到治療效果。

由此可見，真菌在生物界中的地位比細菌高得多。弄清它們的主要區別，是很有益的。因為長期以來，總是把細菌與真菌混為一談。

總之，真菌在生物界的地位不低，它和植物、動物一樣都屬於真核類，又是多細胞，比原核類的細菌的地位高得多。作為一種病原微生物，它和病毒、、衣原體、細菌、原蟲、寄生蟲等都不同。真菌分為非致病性和病原性兩類，非致病性真菌體形較大，如食用菌蘑菇；病原性真菌體形較小，往往肉眼看不見。有些病原微生物如、梅毒螺旋體、阿米巴原蟲等能夠運動，真菌則無此功能。